Учение о Слове, как Премудрости, творческой и миродержавной, развито св. Афанасием еще до арианских споров. В этом учении он продолжает доникейскую традицию, но совершенно свободен от всякого космологического субординацизма.
По свидетельству св. Григория Богослова, в учении о Духе Святом «Афанасий первый и один или с весьма немногими дерзнул стать за истину ясно и открыто, на письме исповедав единое Божество и единую сущность Трех…» И действительно, учение о Святом Духе раскрыто у св. Афанасия с исключительной четкостью и силой. Он исходит из понятия о полноте и совершенном единстве Святой Троицы — «вся Троица есть единый Бог.» Дух Святой есть начало обновления и освящения, Дух жизни и Дух Святыни, Помазание и Печать (3: 34–35). Ради Духа мы все именуемся причастниками Божиими (3: 36). И если бы Дух Святой был тварью, то нам невозможно было бы приобщиться Бога: «Сочетовались бы мы с тварью и соделывались бы чуждыми божественного естества, как нимало его не причастные» (3: 36). Действительность обожения свидетельствует о божественности Духа: «Если Дух творит богами, то нет сомнения, что естество Его есть естество Божие» (3: 36). Дух Святый исходит (экпорэуэтэ) от Отца. Исхождение также обусловлено природой Божества.
Дух принадлежит Сыну, являясь Его «собственным». «Сын не делается причастником Духа, чтобы чрез это быть Ему в Отце. Не Он приемлет Духа, а паче Сам подает Его всем, и не Дух сочетавает Сына с Отцем, но паче Дух приемлет от Слова… А мы без Духа чужды Богу и далеки от Него, причастием же Духа сочетаваемся с Божеством» (Пр. ар., III, 24). Выражение «а паче Сам подает Его всем» иногда принимается как аргумент в пользу Филиоквэ. Мысль Святителя всегда сосредоточена на идее спасения человека. Спасение принес Воплотившийся Христос, и Он же посылает нам Святого Духа, через Которого мы приобщаемся божественной жизни.
Отличие исхождения от рождения остается тайной, но поскольку исхождение необходимо связано с природой Божества, Святой Дух имеет полное равенство со Отцем и Сыном. (О Святом Духе см. в 1, 3 и 4 посланиях к Серапиону).
Взаимоотношение Лиц Святой Троицы св. Афанасий представляет под образом Их проникновения друг другом. Отец находится в Сыне, как в Своем образе, и Сын в Духе, как в Своем, и наоборот, — Святой Дух пребывает в Сыне, и Сын в Отце, равно как и еще — Отец в Духе и Дух в Отце. (Ср. 2: 424–425; 3: 23, 66,67).
Отношение Второго и Третьего Лица Святой Троицы к Богу Отцу св. Афанасий выражает термином «омоусиос» (единосущный). «Омос» — (общий) — означает совместное обладание каким-нибудь предметом; «усиа» (сущность) — св. Афанасий употребляет в смысле конкретного единичного бытия, действительно существующего. Бог как существо простое, неделимое и единственное и есть сущность. В таком понимании термин «омоусиос» обозначает совместное участие в едином бытии трех Лиц — Отца, Сына и Святого Духа. Каждый из Них обладает не частью Божественного бытия, а всем Божеством, чем утверждается Их полное равенство.