С одной стороны, этот указ вызвал достаточно серьезное беспокойство духовенства, причем самых разных слоев, не только иерархии, но и среднего духовенства, и недовольство Петром этого сословия. С другой стороны, указ вдохновил крестьян на очень активное неповиновение монастырским приказчикам, которые управляли землями монастырей и архиерейских кафедр, а затем – на открытые бунты. Они выражались в расхищении монастырского имущества: в несанкционированных порубках лесов, выведении скота. Иногда, если пытались им оказать сопротивление, – в поджогах, вывозе семенного фонда и так далее.
На бунтарское поведение крестьян особенно вдохновил тот пункт указа, в котором Петр объявлял амнистию за хозяйственные преступления против монастырского и епархиального имущества. Это вызвало одобрение императора в крестьянской среде. Видимо, именно этот аспект стал одним из психологических моментов народной любви к этому историческому персонажу, а затем привел к появлению самозванцев под его личиной. Причем Пугачев, который именовал себя государем Петром Федоровичем, – это только один из самых известных случаев такого рода.
Бунты тогда были распространенным явлением, поэтому, придя к власти летом того же года, Екатерина считала, что в состоянии бунта было до 100 тысяч церковных, монастырских и епархиальных крестьян. Невозможно проверить эту цифру, но ей казалось, что это так. Из-за комплекса таких обстоятельств, Екатерина хочет заручиться поддержкой духовенства и высшей иерархии и приостанавливает указ Петра.
Фактически она отменяет его, но это была временная отсрочка. 27 ноября 1762 года императрица создает комиссию о духовных имениях, которая начинает в деталях прорабатывать процедуру секуляризации, отнятия церковных имуществ в казну. Если указ Петра 1762 года в этом контексте был, скорее, декларацией о намерениях, то реформа Екатерины – экономически продуманный план с разработанными шагами его осуществления и подготовленными институтами, которые должны были принять имущество у церкви.
Весной 1763 года создается так называемая Коллегия экономии, которая должна была учесть и принять церковное имущество. Именно поэтому бывшие церковные крестьяне будут называться экономическими крестьянами.
Финалом этой подготовки стал указ Екатерины 26 февраля 1764 года «О секуляризации церковных имений». Все имения Синода (высшей церковной власти), архиерейских домов, монастырей передавались в казну и поступали в управление Коллегии экономии.
У названных церковных институтов отобрали почти миллион душ крестьян – 910 с небольшим тысяч и 8,5 миллионов десятин земли. Десятина – чуть больше гектара. Наиболее богатым монастырем, по статистике Комиссии церковных имений, была Троице-Сергиева лавра, которая в разных частях страны на 1763 год имела во всех своих деревнях около 100 тысяч крестьян.