Патриарх протестовал против впуска польских войск в Москву, но его не слушали. Предательство было всюду; каждый думал только о своей выгоде.
Патриарх отказался подписаться на изготовленной боярами грамоте русскому посольству о согласии на избрание польского короля Сигизмунда русским царем и о сдаче Смоленска, хотя боярин Салтыков угрожал ему ножом.
С этого момента святой патриарх стал рассылать грамоты по всей Руси, увещевая народ защищать православную веру от желающих уничтожить ее иноземцев. Он писал из Москвы:
«Пишите в Казань к митрополиту Ефрему, пусть пошлет в полки, к боярам и к казацкому войску грамоту, чтобы они крепко стояли за веру, уничтожали грабежи, сохраняли братство и, как обещались положить души свои за Дом Пречистой и за чудотворцев, и за веру, так бы и совершали. Да и во все города пишите... везде говорите моим именем».
И вот из разных концов России стало стекаться в Москву народное ополчение для защиты и спасения страны от гибели и поругания.
Выступила и казанская дружина. Казанцы взяли с собой как благословение Божией Матери образ Ее Казанский, точный список с явленной чудотворной иконы.
Воины имели великую веру в заступничество Святой иконы. Вскоре были и знамения.
26 мая 1611 г. русское воинство с иконой отбили у поляков Новодевичий монастырь и взяли множество их в плен. Однако между начальниками отрядов начались ссоры и вражда, а единого руководства не было. Тогда поляки потребовали, чтобы патриарх подписал грамоту о роспуске ополчения, угрожая при отказе смертью. Святейший отказал — и его заточили в Чудов монастырь.
В августе 1611 г. патриарх написал из темницы грамоту, в которой призывал весь русский народ встать на защиту Москвы, на защиту Родины и святой веры и благословил поход нового земского ополчения на Москву. Грамота эта читалась во всех церквях, на площадях сел и городов. Она-то и подготовила поход нового земского ополчения. Центром сбора сил Русской земли стал Нижний Новгород.
Нижегородцу Косьме Минину явился во сне преподобный Сергий Радонежский и благословил на подвиг — сбор всенародного ополчения для спасения Отчизны.
«Станем за Святую Русь, за дом Пречистой Богородицы», — обратился на нижегородской площади к народу Косьма Минин. Нижегородское ополчение под предводительством князя Пожарского двинулось к Москве.
Когда в Москве получили сведения о сборах Минина и Пожарского, бояре и поляки потребовали от патриарха, чтобы он отговорил нижегородцев. Патриарх ответил: «Да будет над ними милость от Бога и благословение от нашего смиренья. А на изменников да излиется гнев Божий и да будут они прокляты в сем веке и в будущем». Тогда его уморили голодом. 17 февраля 1612 г. святейший патриарх Ермоген скончался мученически в Чудовом монастыре в заточении.