После отъезда Банда Сингха Гуру жил в разных местах округи: в Шикар Гхате, где обычно охотился; в Нагина Гхате, где один сикх преподнес ему дорогой перстень с печатью, который он бросил в реку; в Хира Гхате, где он избавился от столь же ценного бриллиантового перстня; в местности, которая теперь называется Сангат Сахиб, где он обычно давал религиозные наставления своим последователям.
Тесные связи, установившиеся между Гуру и императором Бахадур Шахом, тревожили Вазир Хана, наместника Сирхинда. Это он приказал замуровать заживо в стену и обезглавить малолетних сыновей Гуру. Это на нем лежала ответственность за большинство зверств, учиненных над сикхами в Панджабе. Вазир Хан боялся, что его жизнь окажется под угрозой, если новый император и Гуру придут к компромиссу. И потому он организовал заговор с целью убить Гуру и подослал к нему двух патханов, Гуль Хана (его другое имя было Джамшед Хан) и Ата-уллу, чтобы они привели в исполнение его злой умысел.
Религиозные собрания, проводимые Гуру в Надере, посещали люди всех социальных слоев, чинов и званий. Вскоре среди слушателей, к которым обращался Гуру, присоединились двое патханов. На третий или четвертый день Джамшед Хан улучил возможность и, когда Гуру Гобинд Сингх вернулся в свои покои после вечерней молитвы, он ворвался к нему и нанес ему удар кинжалом. Гуру убил его на месте, хотя сам был серьезно ранен. Его напарник, убегая, был заколот сикхом, который, услышав шум, бросился в покои Гуру.
По поводу обстоятельств убийства Гуру бытует множество разнообразных мнений и легенд. Каннингем пишет, что однажды к Гуру пришел афганский купец, продавший ему лошадей, и потребовал немедленной платы. Гуру, который был ограничен в средствах, просил его прийти как-нибудь потом. Патхан замахнулся на него с бранью, чем спровоцировал Гуру нанести ему удар, оказавшийся смертельным. Тело купца увезли и похоронили, и его семья, казалось бы, смирилась с судьбой. Но сыновья его вынашивали планы мести и отыскали возможность их осуществить. Им удалось крадучись пройти вслед за Гуру, когда он уходил в свои апартаменты, и нанести ему, спящему и беззащитному, смертельную рану. (Cunningham - History of Sikhs, p-82)
Другие авторы, такие, как Мак-Грегор (History of Sikhs, vol.1 p-99-100), утверждают, что Гуру вскоре осознал свою ошибку и, желая компенсировать утрату семье жертвы, стал выказывать особое расположение вдове и воспитал ее сына, заменив ему отца. Когда мальчик подрос, он был якобы спровоцирован самим Гуру ударить его. Мальчик это сделал, и последствия оказались для Гуру роковыми. Трумп (Trumpp) также придерживается этой версии и, чтобы придать ей рациональное обоснование, объясняет, что Гуру был разочарован в жизни и желал положить ей конец.