Что касается высших учебных заведений, то для крепостных был открыт доступ лишь в Академию Художеств и Медико-хирургическую Академию.
Первоначально прием крепостных в Академию Художеств не допускался, так как, согласно утвержденному Екатериной II уставу, в Академию принимались лица, «какого- бы звания ни были, исключая одних крепостных, не имевших от господ своих увольнения». Однако впоследствии в Академию был открыт доступ и лицам, не имевшим увольнительных свидетельств. Но крепостные, даже попав в Академию, не пользовались все же там преимуществами, предоставленными воспитанникам свободного состояния». Так, когда в начале ХIХ века ученику Академии Дубровину была присуждена, за успехи, большая серебряная медаль, ее заменили похвальным отзывом, «одобрением», «ибо он (Дубровин) оказался крепостным», каковое обстоятельство, при присуждении медали, упустило из вида забывчивое начальство.
Прием крепостных в Академию был прекращен в 1817 г., когда вновь назначенный президент Академии Художеств А. Н. Оленин признал необычайно вредным для процветания Академии, наличие среди ее учеников лиц «крепостного состояния». Он пришел в ужас от мысли, что «люди сего (крепостного) состояния воспитываются наряду с казенными, свободными питомцами», признав, что «сие смешение состояний было причиною, что нравственность между учащимися исчезла: многие из них предались всякого роду пороков». Вследствие этого, как отмечал президент Академии в своем отчете, «первою заботою его было исправить, как можно скорее, сие вредное отступление от закона». Отныне прием крепостных в число воспитанников Академии Художеств был строжайше воспрещен.
Из числа других высших учебных заведений столицы, крепостные допускались также одно время в Медико-хирургическую Академию. Однако, как гласил академический устав, воспитанники «крепостного состояния» — «по камерам помещаются и пользуются столом отдельно от воспитанников свободного состояния». Кроме того, воспитанники из крепостных официально не числились студентами и не пользовались правом ношения шпаги, что являлось прерогативой дворянства. Получив, по окончании курса наук, врачебный диплом, крепостной обязывался прослужить шесть лет у своего владельца. Закон лишь освобождал его от телесного наказания. В свою очередь, помещик обязан был выплачивать своему крепостному врачу содержание в том же размере, как и в период его обучения в Академии. По истечении шестилетнего срока крепостной получал вольную.
Реакция, последовавшая за событиями 1825 г., привела к окончательному воспрещению приема крепостных в средние и высшие учебные заведения. 19 августа 1827 г. Николай I обратился к министру народного просвещения А.С.Шишкову с рескриптом, в котором отмечал, что «до сведения» его дошло, что часто крепостные люди, из дворовых и поселян, обучаются в гимназиях и других высших учебных заведениях. От сего происходит вред двоякий: с одной стороны, сии молодые люди, получившие первоначальное воспитание у помещиков или у родителей нерадивых, по большей части входят в училища уже с дурными навыками и заражают или через то препятствуют попечительным отцам семейств отдавать своих детей в сии заведения; с другой же, отличнейшие из них, по прилежности и успехам, приучаются к роду жизни, к образу мыслей и понятиям, не соответствующим их состоянию. Неизбежные тягости оного для них становятся несносны и оттого они не редко в унынии предаются пагубным мечтаниям или низким страстям». Вследствие сего министру повелевалось «Университеты и высшие учебные заведения и гимназии и равные по преподаванию места» принимать лишь людей «свободного состояния».