Пока «Цесаревич» ремонтировался, военная обстановка на южном театре продолжала ухудхпаться. Последовавшая вслед за гибелью «Петропавловска» высадка японцев на Ляодунский полуостров привела к тесной блокаде Порт-Артура и с моря, и с суши. Туманный призрак гибели флота в случае падения крепости с каждым днем приобретал все более и более реальные черты. Русская армия, теснимая десантными силами японцев, откатывалась к линии артурских флотов. Необходимость ухода флота из Порт-Артура уже понимали все. Однако, с неменьшей ясностью все понимали, что прорыв из Порт-Артура не удастся осуществить без боя с японским флотом, а это страI.1Iи^^о и командование русской эскадры, и ее личный состав на всех уровнях...
Временно командующий эскадрой контрадмирал Витгефт, засыпаемый приказами адмирала Алексеева, требующего немедленного ухода флота из Артура, откладывал выход, ожидая окончания ремонта поврежденных кораблей. Ремонт «Цесаревича» продолжался. Броненосец продолжал высылать свои катера для дозорной службы и траления, а 5 мая с «Цесаревича» в бухту Инцендзы, где предполагался японский десант, была послана десантная полурота с четырьмя пулеметами под командованием лейтенанта Азарьева. Однако, японцы десанта в этой бухте не высаживали И полурота лейтенанта Азарьева вернулась 14 мая в Порт-Артур в общем потоке отступления русских войск от Кинджоу. А между тем, 22 мая на «Цесаревиче» был установлен последний лист наружной обшивки и 24 мая от борта броненосца был отведен кессон. После четырехмесячного ремонта «Цесаревич» снова был в строю. (Внутренние работы по монтажу легкой настилки поверх броневой палубы и исправлению переборок продолжались еще около двух недель). 25 мая 1904 года на «Цесаревиче» поднял свои флаг контр-адмирал Витгефт, перенеся его с броненосца «Севастополь». Эскадренный броненосец «Цесаревич» стал флагманским кораблем 1-й Тихоокеарской эскадры. 1 июня «Цесаревич» занял место флагманского корабля в Восточном бассейне Порт-Артура, а «Севастополь» перешел в Западный бассейн.
Эскадра продолжала готовиться к прорыву из Порт-Артура. Выход откладывался по различным причинам со дня на день, пока наконец не последовал приказ адмирала Витгефта быть готовыми к прорыву из Порт-Артура к 03.30 10 июня. (Контр-адмирал Вильгельм Карлович Витгефт (1847-1904), временно назначенный командующим эскадрой, оказался на этом посту совершенно случайно, из-за спешного отъезда адмирала Алексеева и неприбытия вовремя адмирала Скрыдлова. Несмотря на бессомненную личную храбрость и большой опыт штабной работы, опыта флотоводца у него не было, поскольку вся его служба I! адмиральском звании (с 1899 года) прошла на берегу. Вступив в командование эскадрой, Витгефт на первом же собрании флагманов и командиров заявил: «Жду от вас, господа, не только содействия, но и совета.