12 июня броненосец «Цесаревич» стал на свое место в Восточном бассейне, а 14 июня на нем состоялось совещание флагманов, командиров кораблей и командующих сухопутными войсками. На этом совещании командование флота пыталось подбить командование армией присоединиться к мнению о невозможности выхода флота из Порт-Артура. Обосновывая свою точку зрения, контр-адмирал Витгефт в частности сказал: «Если пострадал всего один «Севастополь», а не взорвались при выходе и постановке на якорь «Цесаревич», «Пересвет», «Аскольд» и другие корабли, то это только милость Бога». По мнению адмирала Витгефта, «вторичный выход всем флотом может состояться лишь тогда, когда оудет выоор между гибелью в гавани при взятии крепости, и гибелью на рейде». Однако, представители армейского командования, смотревшие на положение вещей более реально и не понимавшие трусости флота, не дали себя убедить доводами моряков.
Что же касается адмирала Алексеева, то тот, узнав о возвращении эскадры в Порт-Артур, пришел в ярость и засыпал Витгефта телеграммами, где со ссылкой на Высочайшее повеление приказывал немедленно уводить флот из Порт-Артура во Владивосток. 4 июля для обсуждения директив наместника на борту «Цесаревича» произошло еще одно совещание флагманов и командиров кораблей, на котором вновь был признан невозможным выход флота из Порт-Артура. Протокол совещания был переслан адмиралу Алексееву. Видя полное нежелание флота воевать, адмирал Алексеев вынужден был апеллировать к авторитету царя. В посланной им телеграмме адмиралу Витгефту говорилось: «На представленный протокол собрания флагманов и капитанов от 4 июля. Его Императорское Величество соизволили следующим ответом: «Вполне разделяю Ваше мнение о важности скорейшего выхода эскадры из Артура и прорыва во Владивосток». На основании сего подтверждаю Вам к точному исполнению приказания, изложенного в моей депеше № 7".
Но выпихнуть флот в море оказалось совсем не легкой задачей. Если уж в России саботируют полученный приказ, то делают это долго и нудно. Было собрано (созвано) новое собрание флагманов и капитанов, постановившее не уходить из Порт-Артура. Протокол был направлен адмиралу Алексееву, который очень резко напомнил Витгефту, что в армии приказы не обсуждаются вообще, а приказы царя — в особенности. Вынуждаемый правительством страны и главнокомандующим к активным действиям, флот сопротивлялся до последнего. Игнорируя категорические приказы, командование флотом приводило все новые и новые доводы, доказывая невозможность прорыва, настолько убедив себя в этом, что уже действительно ни о каком прорыве не могло быть и речи. И уже перед самым выходом в море, 28 июля адмирал Витгефт направил непосредственно царю телеграмму следующего содержания: «Согласно повеления Вашего Императорского Величества, переданного наместником мне телеграммой, выхожу с эскадрой прорываться во Владивосток. Лично я и собрание Флагманов и Командиров были против выхода, не ожидая успеха прорыва, о чем доносил неоднократно наместнику».