После сдачи Порт-Артура В.Н. Черкасов вернулся в Россию. Спустя полгода после возвращения его назначили на должность старшего артиллерийского офицера на учебное судно “Рында”, находившееся в отряде Морского корпуса, а затем в 1906 г. переведен в созданный Морской Генеральный штаб (МГШ), где с четырехмесячным перерывом на исполнение обязанностей старшего офицера учебного корабля “Император Александр II” (1909 г.) служил до 1912 г. Одновременно, в 1906-1912 гг., он читал курс лекций в Артиллерийском офицерском классе и Николаевской морской академии по темам “Тактическая часть артиллерии” и “Элементарная морская тактика”. За этот время он опубликовал несколько статей в “Морском сборнике” и ряд фундаментальных учебных пособий по тактике и стратегии.
После создания в Петербурге Военно-морского кружка, организаторами которого были известные офицеры и кораблестроители А.Н. Щеглов, А.В. Колчак, В.К. Пилкин, Н.Н. Кутейников, А.Д. Бубнов, В.Н. Черкасов вошел в его ряды. Вот что в мае 1911 г. писал о нем А.В. Колчаку бывший сотрудник МГШ капитан 2-го ранга А.А. Макалинский: “Вы не удивляйтесь Василию Нилычу, — я сам раньше удивлялся, как он все успевает делать то, что делает; а ведь даже находит время и в гостях побывать, и в театре нередко. Но потом я понял, что Черкасов — особая натура, чрезвычайно уравновешенная и чуждая всяких порывов. С этой стороны он не человек, а механизм, точно установленный и хорошо направленный и заведенный. Он очень, очень полезный человек".
После производства в капитаны 2-го ранга (25 марта 1912 г.) В.Н. Черкасова назначили на должность старшего офицера линейного корабля “Иоанн Златоуст”, в 1913 г. назначили флагманским артиллерийским офицером штаба командующего Морскими силами Черного моря, а с 14 октября, командиром строившегося эсминца “Гневный”.
В годы первой мировой войны он вместе со своим кораблем участвовал в боевых походах. 25 мая 1915 г. он получил звание капитана 1-го ранга. За дерзкую торпедную атаку на крейсер “Бреслау” у Босфора в ночь на 29 мая 1915 г. его наградили орденом Св. Владимира 3-й ст. с мечами и бантом (27 июля 1915 г.), а за время войны — орденами Св. Анны 2-й ст. с мечами и Св. Владимира 3-й ст. с мечами. После пребывания в январе-марте 1916 г. на посту командира 2-го дивизиона эсминцев Черноморского флота В.Н. Черкасова 22 марта назначили командиром линкора “Чесма” — бывшего броненосца “Полтава”, выкупленного у Японии. Приняв корабль во Владивостоке в апреле 1916 г., он переводит его на Средиземное море и далее на русский север. 12 марта 1917 г. он сдает эту должность, и затем его назначают на пост начальника Главного управления кораблестроения, где он являлся представителем морского ведомства в Особом совещании по обороне государства. 9 июля 1917 г. В.Н. Черкасов становится помощником по технической части главнокомандующего г. Архангельска и Беломорского водного района.