Святитель Николай начинает свою миссию в Японии не с громоподобных проповедей-обличений, а с учебы. Он ревностно постигает сложнейший японский язык, параллельно изучая и китайский. Он стремится познать местные обычаи, религиозные верования и традиции. При этом святитель проявляет необыкновенную широту ума, дружелюбие и открытость, что не смогло не сказаться на его отношениях с изначально агрессивно-отчужденными японцами. Очень скоро он стал вхож во многие японские дома. Среди его друзей появились представители буддийского духовенства. «Вначале завоевать любовь, а потом нести Слово», — так решил святитель, и этот принцип обеспечил успех всей его последующей деятельности. В 1864 году он обратил ко Христу первого японца, причем обращенный был жрецом старой синтоистской кумирни в Хакодате — Такума Савабе. Вот как рассказывает об этом православная русская писательница тех времен Александра Платонова:
«Савабе то и дело сталкивался с иеромонахом Николаем в доме консула и всегда смотрел на него с такой ненавистью, что однажды тот не выдержал и спросил:
— За что ты на меня так сердишься?
Последовал совершенно определенный ответ:
— Вас, иностранцев, нужно всех перебить. Вы пришли выглядывать нашу землю. А ты со своей проповедью всего больше повредишь Японии.
— А ты разве уже знаком с моим учением?
— Нет, — смутился японец.
— А разве справедливо судить, тем более осуждать кого-нибудь, не выслушав его? Разве справедливо хулить то, чего не знаешь? Ты сначала выслушай да узнай, а потом и суди. Если мое учение будет худо, тогда и прогоняй нас отсюда. Тогда ты будешь справедлив.
— Ну, говори!
Слова иеромонаха Николая потрясли самурая. Он испросил дозволения встретиться с иеромонахом вновь и продолжить беседу. Через некоторое время отец Николай уже писал митрополиту Исидору: "Ходит ко мне один жрец древней религии изучать нашу веру. Если он не охладеет или не погибнет (от смертной казни за принятие христианства), то от него можно ждать многого".
В письме от 20 апреля 1865 года иеромонах Николай пишет: "Жрец с нетерпением ждет от меня крещения. Он хорошо образован, умен, красноречив и всею душою предан христианству. Единственная цель его жизни теперь — послужить отечеству распространением христианства, и мне приходится постоянно останавливать его просьбы из опасения, чтобы он не потерял голову, прежде чем успеет сделать что-либо для этой цели".
На Савабе тут же обрушились тяжкие испытания. Его жена сошла с ума и через несколько месяцев в припадке болезни сожгла собственный дом. Савабе так и не нашел прибежища и в скором времени вернулся в Хакодат. Теперь он не имел не только средств к пропитанию, но и крова. Тогда же, в 1868 году, он был заключен в темницу. Восьмилетний его сын по наследственному праву стал жрецом той же кумирни, что давало ему средства кормить себя и больную мать. Позднее Павлу Савабе было дано утешение видеть христианином и своего собственного сына. Испытания лишь укрепили ревность Павла, и в 1875 году он был рукоположен в сан священника».