К мирным переговорам обе противоборствующие стороны подталкивало быстрое уменьшение финансовых и военных ресурсов. Армии распадались от голода и болезней, значительный размах приобрело дезертирство. Массовое разорение населения Центральной Европы и чудовищные опустошения ее территорий вызвали возникновение партизанских движений. Менялись и цели войны – религиозный фанатизм истощался, внутриимперские разногласия стирались, отдельные неудовлетворенные князья перестали представлять самостоятельную силу. В воюющих странах нарастала социальная напряженность. В 1644 г. открылся конгресс в Мюнстере, где обсуждались взаимоотношения между Империей и Францией. В 1645 г. в еще одном вестфальском городе Оснабрюке началось обсуждение шведско-германских отношений. Империю, Испанию, Францию, Швецию на этих переговорах представляли крупнейшие дипломаты того времени.
Первый министр Фридриха III граф М. Траутманнсдорф, возглавивший имперскую делегацию, был убежден в необходимости скорейшего мира для Австрии и всей Империи и старался не допустить срыва переговоров. В Париже и Стокгольме пытались добиться более выгодных условий в ситуации военного превосходства. Весной 1648 г. французы и шведы, разбив баварского курфюрста Максимилиана, вступили в Австрию. Осенью того же года шведы, овладев аристократической частью Праги на левом берегу Влтавы, штурмовали чешскую столицу. Ограничивая притязания шведов и французов, Траутманнсдорф умиротворял и германских князей, а также отстаивал, насколько это было возможно, интересы австрийских Габсбургов.
Французской дипломатией на конгрессах в Вестфалии руководил кардинал Мазарини, сменивший умершего Ришелье. Его главной задачей являлось парализовать усилия Траутманнсдорфа, стремившегося внести раскол между Швецией от Францией. В Париже сочли полезным поддержать протест Бранденбурга против непомерных притязаний Швеции на территорию по южному побережью Балтики, заставив тем самым своего союзника искать содействия Франции. Вместе с тем, Мазарини рассматривал Бранденбург в качестве потенциального оппонента как Швеции, так и Империи. 24 октября 1648 г. в Мюнстере и Оснабрюке одновременно был заключен мирный договор, который вошел в историю под названием Вестфальского и подвел итог Тридцатилетней войны – первого глобального международного конфликта Нового времени.
В Вестфале были сформулированы новые юридические принципы международных отношений, в том числе важнейший из них – государственного суверенитета. Политическая самостоятельность немецких государств была закреплена, а вместе с ней – раздробленность Германии, которая продолжалась еще два столетия. Международное признание своей независимости получили Швейцарский союз, официально выведенный из состава Империи, и Республика Соединенных Провинций. Еще одним принципом в международных отношениях стало религиозное равенство. Статус официально признанной конфессии получил в Империи наряду с католицизмом и лютеранством также и кальвинизм. Церковные земли, присвоенные протестантскими князьями до 1624 г. (для Пфальца и его союзников устанавливалась дата 1619 г.) были оставлены в их распоряжении, но впредь такие захваты запрещались. Решение религиозно-церковных вопросов Вестфальским миром, при заключении которого папе в отличие от существовавшей ранее практики не было отведено никакой роли, вызвало бурю в Ватикане. Но протест папы результатов не имел. Папский престол перестал быть одним из центров европейской политики, а религиозный фактор – играть существенную роль в международных отношениях.