Еще в октябре 1887 г. он обратился к министру просвещения с письмом, в котором выражал желание занять кафедру какой-нибудь экспериментально-медицинской науки — физиологии, фармакологии или общей патологии — в одном из университетов России. Он, в частности, писал: «За мою компетентность в экспериментальном деле, надеюсь, не откажутся сказать свое слово профессора] Сеченов, Боткин и Пашутин; таким образом, самой подходящей для меня кафедрой является кафедра физиологии. Но если бы почему-либо она оказалась для меня закрытой, я, думаю, мог бы, не боясь упрека в легкомыслии, взяться за фармакологию или общую патологию, как также чисто экспериментальные науки [...] А между тем время и силы тратятся не так производительно, как это следовало бы, потому что работать одному и в чужой лаборатории далеко не то, что работать с учениками и в собственной лаборатории. А посему счел бы себя счастливым, если бы Сибирский университет приютил меня в своих стенах. Надеюсь, что и я с своей стороны не остался бы у него в долгу» [>23 «Летопись жизни и деятельности академика И. П. Павлова», стр. 31—32.].
Спустя месяц он обратился с письмом подобного содержания к организатору Сибирского университета в Томске, бывшему профессору Военно-медицинской академии В. М. Флоринскому. Но, несмотря на поддержку крупного и авторитетного ученого В. В. Пашутина, эти обращения оставались без ответа почти три года. JB- апреле 1889 г. Павлов участвовал в конкурсе на занятие должности профессора физиологии Петербургского университета, вакантной после ухода И. М. Сеченова. Но конкурсная комиссия забаллотировала его кандидатуру, избрав на это место ученика Сеченова Н. Е. Введенского. Павлов тяжело переживал эту неудачу. Вскоре он был вынужден вторично испить горькую чашу обиды. С большим опозданием он был избран на должность профессора физиологии Томского университета. Однако царский министр реакционер Делянов не утвердил его кандидатуру, предоставив это место малоизвестному ученому Великому, за которого хлопотал какой-то другой министр.
Столь возмутительное событие вызвало протест передовой научно-врачебной общественности. В газете «Врач», например, появилась статья, в которой говорилось: «На кафедру физиологии в Томске назначен доктор зоологии Великий [...] Мы не можем не выразить искреннего сожаления, что первоначально имевшееся в виду назначение на эту кафедру частного преподавателя физиологии в академии Павлова почему-то не состоялось [...] Павлов, давно уже и по справедливости считающийся одним из лучших физиологов России, представлял в данном случае особенно выгодные условия; он не только доктор медицины, но и кандидат естественных наук, и, кроме того, в течение многих лет постоянно работал и помогал другим работать в клинике С. П. Боткина. Нам известно, что неназначение Павлова удивило, между прочим, и такого сведущего судью в этом деле, как И. М. Сеченов» [