В начале войны Академия наук была эвакуирована в г. Куйбышев, а президиум ВАСХНИЛ — в Омск. Т. Д. Лысенко работал в Омске, Красноярском крае и Казахстане, ставшими основными житницами СССР. Для оперативного руководства сельским хозяйством он был назначен главным агрономом наркомата земледелия. Как президент ВАСХНИЛ он руководил организацией исследований, направленных на обеспечение продовольствием армии и населения. Его собственная теоретическая и практическая деятельность в то время была подчинена той же задаче — увеличению сельскохозяйственного производства. Как писал сам Лысенко, "с первых дней Великой Отечественной войны, навязанной нашей стране германским фашизмом, всю свою научную деятельность и работу всего коллектива, тесно со мной работающего, мы направили исключительно на решение сугубо важных научных вопросов, помогающее в тяжёлые дни войны колхозам и совхозам увеличивать продовольственные и сырьевые ресурсы страны. На решении этих вопросов только и было сосредоточено наше внимание. В военное время колхозы и совхозы особенно остро чувствуют потребность в помощи агробиологической науки. Война потребовала от сельского хозяйства быстрого решения больших и малых вопросов, направленных на удовлетворение возросших нужд нашей страны, нашей доблестной Красной Армии в пищевых и сырьевых ресурсах"[3].
Уже летом 1941 года возникла угроза потери урожая из-за морозобойности зерна ввиду прогноза наступления ранних осенних заморозков в восточных областях СССР. Поскольку в этом случае "виновата" была Природа то, казалось, что земледельцы сделать ничего не могут; "требовать от агробиологической науки помощи как будто бы нельзя, не в её силах отодвинуть осенние заморозки"[4]. Однако Т. Д. Лысенко и его коллеги нашли выход. Во второй половине августа 1941 года они оперативно проанализировали состояние посевов пшеницы в районах Сибири и Северного Казахстана, а также сопоставили данные за разные годы о температуре, осадках, времени наступления первых осенних заморозков. Был сделан вывод, что пшеница осенью 1941 года полностью дозреть не успеет. Затем в виде опыта в нескольких хозяйствах в 20-х числах августа на небольших площадях была скошена ещё недозрелая пшеница. "Пришлось провести целый ряд быстрых экспериментов, с тем, чтобы убедиться, каков же будет получаться урожай зерна, если недозрелую пшеницу скашивать, чтобы не подвергнуть её на корню губительному действию осенних заморозков". Опыты проводились в течение практически одной недели. После этого Т. Д. Лысенко принял решение: рекомендовать хозяйствам Сибири и Северного Казахстана, не дожидаясь полной зрелости яровых, в конце августа приступить к их уборке, начиная с наиболее зрелых участков, а затем, с 5-10 сентября, скашивать все участки зерновых, независимо от их зрелости. Предложение было реализовано и основной урожай был от заморозков спасён