В Комитет по правительственным операциям вошли, не считая председателя, пятеро республиканцев: Карл Мундт из Южной Дакоты, Эверетт Дирксен из Иллинойса, Дворжак из Айдахо, Джон Батлер из Мэриленда, Чарльз Поттер из Мичигана, Маргарет Смит из Мэна, и трое демократов: Джон Макленнан из Арканзаса, Стюарт Саймингтон из Миссури, Генри Джексон из Вашингтона.
Неудачным оказался выбор Маккарти главного следователя комитета. 22 июня 1953 года он пригласил на эту должность Джозефа Мэтьюза, в 1920-30-х гг. социалиста и коммуниста, а потом активного антикоммуниста; с 1938 года руководившего аппаратом Комитета по расследованию антиамериканской деятельности. Однако это назначение вызвало резкую критику: Мэтьюз некоторое время назад опубликовал в AmericanMercury статью "Коммунисты и наши церкви", в которой заявил, что "самая большая группа, поддерживающая коммунистов в Америке ― это протестантские священники". В конце концов, через две недели Маккарти пришлось попросить его подать в отставку. На должность главного следователя был назначен молодой юрист Р. Кон, ранее участвовавший, в составе обвинения, в процессах над лидерами компартии и над Розенбергами. Это назначение также оказалось неудачным. Кон пригласил в комитет своего друга Дж. Шайна, сына владельца нескольких кинотеатров и отелей, и оба они позже, в попытках получить льготы при призыве Шайна в армию, нанесли репутации комитета серьёзный ущерб.
Бюджет комитета на 1953 год составил 189 тыс. долларов.
Основной задачей, которой занялся, по инициативе его председателя, постоянный подкомитет по правительственным операциям, стало выявление нелояльных лиц в различных федеральных структурах. Предварительную информацию Маккарти и его сотрудники получали от знакомых журналистов, общественных или политических деятелей, бизнесменов, патриотов своей страны. Затем, в зависимости от степени важности вопроса, начиналось расследование.
С учётом необходимости проверки представленных данных, затрагивавших репутации людей, комитет в сложных случаях проводил вначале закрытые сессии; потом открытые.
В 1953 году комитет Маккарти провёл 169 закрытых и открытых слушаний; вызвал более 500 свидетелей.
Демократы-члены комитета Маккарти редко появлялись на заседаниях, а после назначения Мэтьюза и вовсе некоторое время бойкотировали их. Республиканские члены комитета также нечасто бывали там, и, случалось, что Маккарти один вёл опрос свидетелей. Однако сессии его комитета вызывали большой интерес у публики и галёрка для зрителей почти всегда была полной.