Моментом решительных действий против КПК Чан Кайши избрал вступление его войск в Шанхай. Китайские коммунисты приняли активное участие в подготовке захвата Шанхая Национальной революционной армией. 21 марта 1927 года в Шанхае состоялась всеобщая забастовка и началось восстание под руководством Чжоу Эньлая. Вскоре в город вступили войска НРА. 26 марта в Шанхай прибыл Чан Кайши. 5 апреля 1927 года он ввёл в городе военное положение и потребовал от нерегулярных отрядов ― то есть, от групп рабочих, руководимых коммунистами ― сдать оружие. Тем временем, в Пекине 6 апреля 1927 года китайские полицейские совместно с военными Чжан Цзолиня совершили налёт на советское полпредство; изъяли документы и арестовали укрывшихся там коммунистов, в т. ч. Ли Дачжао. Из документов стало ясно, что посольство активно занималось "деятельностью, несовместимой с дипломатическим статусом" ― конкретнее, готовило замену китайского правительства марионеточным режимом. В частности, в начале 1927 года Бородин отдал секретный приказ об аресте Чан Кайши. Документы были переданы гоминдановцам, а Ли Дачжао казнён.
Через неделю, 12 апреля 1927 года Чан Кайши совершил в Шанхае переворот. Его войска, при поддержке триад и полиции, арестовывали коммунистов, разоружали рабочие отряды. За время акции было убито около 400 человек; изъято более 3 тыс. винтовок, 20 пулемётов, 600 револьверов. За весь апрель в Шанхае погибло около 12 тыс. человек. Компартия в городе перешла на нелегальное положение[61].
15 апреля 1927 года похожие события произошли в Гуанчжоу. 18 апреля было арестовано более 200 слушателей академии Вампу, подозреваемых в симпатиях к КПК.
Однако влияние группы Бородина на гоминдановское правительство в Ухани, возглавляемое Ван Цзинвэем, оставалось значительным. 17 апреля ЦИК Гоминдана и правительство объявили об исключении Чан Кайши из партии. В ответ тот сообщил о создании правительства в Нанкине; опубликовал антикоммунистический манифест и список подлежащих аресту членов КПК и ГМД, в том числе Бородина.
1 июня 1927 года ЦК КПК получил по телеграфу решение VII пленума ИККИ, по которому предлагалось: 1) развернуть в стране аграрное движение; 2) вовлечь в ЦИК Гоминдана побольше рабочих и крестьянских лидеров; 3) мобилизовав 20 тыс. коммунистов и 50 тыс. "революционных рабочих", создать собственные войска; 4) создать военно-революционные трибуналы во главе с левыми членами Гоминдана для судов над контрреволюционными офицерами. То есть, китайским коммунистам, по сути, предлагалось начать гражданскую войну. Представитель Коминтерна в Ухани М. Рой имел неосторожность показать эту телеграмму Ван Цзинвэю, председателю правительства Гоминдана. Тот ознакомил с ней Чан Кайши и недавнего клиента Коминтерна генерала Фэн Юйсяна. Затем Ван издал указ об освобождении от обязанностей Бородина, Блюхера и других советских советников и высылке их из страны.