.
В конце 1870-х гг. Тимирязев сблизился с кружком В. И. Танеева, в который входили А. Г. Столетов, М. М. Ковалевский, С. А. Муромцев и другие представители леволиберальной интеллигенции. По приглашению Ковалевского он начал публиковаться в "Вестнике Европы"; стал там руководителем отдела науки.
В 1892 году Тимирязев перешёл из Московской сельскохозяйственной академии в Московский университет.
В феврале 1911 года Тимирязев, вместе с группой других профессоров и преподавателей Московского университета выступил с решительным протестом против реакционных мероприятий правительства[13] и настоятельным требованием академической свободы.
Все эти годы, будучи и студентом, и профессором, и заслуженным профессором, и действительным статским советником (гражданский аналог в табели о рангах генерал-майора), и обучаясь за государственный счёт в зарубежных лабораториях, и принимая участие за тот же счёт в международных конгрессах, К. А. Тимирязев продолжал испытывать самое глубокое отвращение к "душившему любое проявление свободной мысли деспотическому режиму".
После Октябрьской революции он, наконец, нашёл близкий к своим идеалам образ правления, как можно было понять из его заявления: "Всякий беспристрастный русский человек не может не признать, что за тысячелетие существования России в рядах правительства нельзя было найти столько честности, ума, знания, таланта и преданности своему народу, как в рядах большевиков".
Почтенный учёный стал членом Социалистической (позже переименованной в Коммунистическую) академии, депутатом Моссовета. В. И. Ленину он послал в дар свой объёмистый сборник публицистических статей "Наука и демократия".
На проблемы академической свободы, вновь взволновавшие по известным причинам в те годы его коллег, он теперь смотрел иначе, утверждая, что таковая была нужна во времена черносотенной реакции, а сейчас она может стать опорой для контрреволюционеров.
В последующее время К. А. Тимирязев был сделан в СССР своего рода "иконой": его атеистическо-материалистические взгляды в биологии были канонизированы, а его имя было присвоено ряду научных учреждений, начиная с Московской сельскохозяйственной академии, где он работал. В 1922 году был создан Государственный научно-исследовательский биологический институт имени Тимирязева (в 1924-30 гг. Государственный научно-исследовательский институт по изучению и пропаганде научных основ диалектического материализма; с 1930 г. Биологический институт имени Тимирязева). Согласно требованиям Главнауки, в нём могли работать