Различия в методах научного исследования. Возможно, генетикам и агробиологам в то время трудно было найти общий язык из-за различий не только в методологии, но и в методах научного исследования. Менделевская генетика оперировала количественными соотношениями при расщеплении простых признаков в гибридном потомстве и использовала новейшие по тому времени статистические методы, которые были применимы только к массовым явлениям и опирались в основном на данные, полученные на лабораторных и модельных объектах.
Но судьба селекционера, особенно в те годы, была — всю жизнь жить на одном месте, проводить тысячи скрещиваний, с утра до вечера ходить по делянкам в поисках одного-единственного растения — возможного основателя сорта, отличающегося от других растений по набору сложных признаков. В противоположность этому, развитые на то время генетические методы анализа расщеплений в скрещиваниях опирались на получение больших выборок, но принципиально не подходили к такого рода единичным событиям, с которыми имели дело селекционеры. И хотя генетики говорили, что они предложили селекционерам методы селекции, это не соответствовало фактическому положению дел: в те годы они могли дать в подавляющем большинстве приложений лишь генетическое объяснение того, почему селекционеры смогли получить то, что они получили. Однако на практике требуется не только объяснять полученные результаты, но и разрабатывать способы получения нового результата. Но генетика тогда дать этого не могла. Так, например, лишь много лет спустя были генетически реконструированы и схема отбора, использованная В. С. Пустовойтом при выведении им высокомасличного сорта подсолнечника, и система признаков, задействованных в селекционной работе П. П. Лукьяненко (Драгавцев 1994).
Несомненно, генетика открывала новые возможности в выборе признаков, позволяла предсказать, какие из них в каких скрещиваниях проявятся, давала методы увеличения изменчивости, расширяя возможности поиска нужных комбинаций признаков, и, тем самым, увеличивала производительность работы селекционеров. Но, в сущности, работа селекционера оставалась прежней — поиск единичных желательных особей. Лишь много позже после описываемых здесь событий, с разработкой способов создания мутантных линий, методов анализа комбинационной способности, подходов к оценке и отбору особей по совокупности признаков (а у животных еще и по родословным) и т. п., генетические методы стали глубже внедряться в селекционный процесс, а создание за последние годы генетически модифицированных растений показало, что генетика начала вносить существенный вклад в производство принципиально новых сортов и форм.