Если мы примем во внимание упрощенное понимание гена, как сумма экзонов (во времена Лысенко понимание генетиками сущности генов было ещё более примитивным), то все, что передает наследственные признаки без передачи в другой организм самого гена, то это и будет внегенетическое наследование в широком смысле слова. Термин эпигенетика предложен К. Уодингтоном (335). В научной литературе широко распространено слово эпигенетика. Я здесь буду употреблять более русифицированное слово надгенетическое (или ещё лучше внегенетическое) наследование.
Сейчас наравне с геномом выделяют эпигеном, который может быть охарактеризован как функциональное взаимодействие генома с локальными хроматиновыми уплотнениями в ядре, разными уровнями упаковки хроматина и ядерной архитектуры в целом (294). Мне кажется, что данное определение не совсем полное.
Правильнее было бы разделить всю наследственную информацию на хромосомный геном (информация содержащаяся в последовательности нуклеотидов ДНК), органельный геном (информация, содержащаяся в последовательности нуклеотидов ДНК, имеющейся в составе митохондрий и пластид) и эпигеном (информация содержащаяся в организации хроматина, РНК, мембранах, белках и гормонах, передаваемых через половые клетки). К внегенетическому наследованию следует отнести и передачу наследственных свойств при вегетативной гибридизации путем транспорта молекул РНК через плазмодесматы. Если же следовать другой классификации, то наследственную информацию можно разделить на хромосомную (это последовательности ДНК, гистоны и особенности их химического модифицирования и надхромосомную (внехромосомную). Это все остальное, включая ДНК митохондрий и пластид. С другой стороны, инфромация, содержащаяся в последовательностях нуклеотидов ДНК может передаваться "вертикально" через половые клетки или горизонтально — другими способами. Хромосомная наследственная информация изменяется с результате мутаций и кроссинговера (обмена участками между парными хромосомами) во время полового процесса.
Что такое генетика, молекулярная биология, биохимия и эпигенетика в шутливой форме лучше всего определил Т. Бестор. Если есть известный ген и известный продукт, полученный на основе информации, записанной в гене, то это молекулярная биология. Если есть известный ген и неизвестный его продукт, то это генетика. Если ген неизвестен, а продукт известен, то это биохимия. Если же неизвестны и ген, и его продукт, то это эпигенетика (351). Отмечу, что вне-генетическое наследование может продолжаться тысячи лет и участвовать в эволюции. А раз так, то возникает вопрос, а как же тогда догма формальных генетиков о наличии некоего изолированного от тела и неизменяемого наследственного вещества?