Внезапно особое внимание следователей привлекла фраза унтер-офицера Федорова о давнем конфликте между кондуктором Савельевым и бывшим в ту пору еще старшим офицером лейтенантом Дистерло. Дело было еще во время стоянки клипера в Хакодате. Тогда Дистерло распорядился положить ракеты и гранаты в крюйт-камеру, Савельев воспротивился этому, сказав, что там хранить боеприпасы не положено. На что Дистерло топнул ногой и крикнул: «Пошел прочь!» При этом Федоров добавил, что так, впрочем, Дистерло поступал всегда, когда выслушивал доклады своих матросов.
Кроме этого, в ходе дальнейшего опроса было выявлено, что на борту «Пластуна» находилось гораздо больше пороха, чем те шесть пудов, о которых доложил командиру отряда лейтенант Дистерло. По свидетельству матроса Килека, во время пребывания в Николаевске на борт клипера дополнительно доставили четыре бочонка пороха, которые так и остались стоять в проходе крюйт-камеры. Это же подтвердили и другие матросы из числа спасенных.
Характер взрыва и матросы, и офицеры описывали по-разному. Одним он показался как очень сильный выстрел, другим лее — как протяжный шум, третьим — просто оглушительный треск Матрос Алексеев, которого взрыв застал подле фок-мачты, вообще охарактеризовал его как некий пронзительный визг. Юнга Миртов рассказал, что ему показалось, будто перед самым выстрелом начали лопаться ударные трубки. Такую же мысль высказал и лейтенант Литке, который выдвинул версию, что в процессе передвижения ящиков в крюйт-камере матросы могли случайно надавить ящиком на одну из трубок, а та могла лопнуть и воспламенить рассыпанный по палубе порох, затем последовали детонация и взрыв.
Чтобы разобраться до конца с версией Литке, комиссия была вынуждена провести несколько экспериментов. Однако после их проведения общее мнение всех было, что подобный ход событий слишком маловероятен и почти невозможен, ибо случайно раздавить трубку ящиком было просто нереально.
Именно тогда впервые возникло предположение о возможности преднамеренного подрыва корабля. При последующем опросе все члены экипажа «Пластуна», кроме одного, отвергли такую возможность. Этим одним был унтер-офицер Федоров. Он сказал, что после долгих раздумий пришел к выводу, что взрыв стал следствием умышленных действий содержателя крюйт-камеры кондуктора Савельева. По словам Федорова, Савельев был очень озлоблен на командира. Обращение с командой со стороны командования клипера было вообще весьма плохим, но особенно доставалось именно Савельеву. Его буквально ненавидели и командир, и старший офицер. Дело доходило до того, что оба его даже часто били. Дальнейшие расспросы повергли следователей в изумление — как оказалось, на борту «Пластуна» издевательство над матросами носило постоянный и самый изуверский характер. По приказанию старшего офицера того же Савельева привязывали на несколько часов к бушприту. В другой раз он был нещадно выпорот линьками только за то, что в кубрике, за который он отвечал, была обнаружена валявшаяся матросская шинель. По словам Федорова, и на этот раз он якобы слышал отданное приказание старшим офицером после окончания работ в крюйт-камере идти Савельеву на бак, где уже приготовлены линьки для его порки (факт подготовки к экзекуции подтвердил и матрос Алексеев). Вообще Савельев, по словам Федорова, был смирным и тихим, но, выпивши, становился дерзким и смелым. По выходе клипера из Николаевска Савельев якобы выкупил у матроса Макарова на несколько месяцев вперед ежедневную винную порцию и начал пить. Оставшийся в живых Макаров факт продажи своей винной порции подтвердил. По мнению Федорова, был Савельев нетрезв и в последний день своей жизни. Однако мичман Кноринг заявил, что Савельев не мог быть в день катастрофы пьян, иначе он бы это непременно заметил и ключей от крюйт-камеры кондуктору никогда бы не выдал.