Осенью после наводнения ударили ранние морозы. Люди, оставшиеся жить в своих полуразрушенных домах с развороченными печами, страдали от жестокого холода Даже те счастливцы, у которых печи в домах сохранились, не могли топить их отсыревшими дровами. И в городе начали свирепствовать простудные заболевания. Резко поднялись цены на продукты и сухие дрова.
Впрочем, кому война, а кому и мать родна! Очень ловкий и неглупый главный командир Кронштадтского порта вице-адмирал Ф. В. Моллер 1-й уже на следующий день докладывал в Морское министерство: «С прискорбием доношу… о горестных последствиях… корабли, фрегаты и прочие суда в гаванях брошены на мели и многие из них нет надежды спасти…» Через 4 месяца исполнительная экспедиция Адмиралтейств-коллегии представила управляющему Морским министерством вице-адмиралу Моллеру 2-му (так он числился в списках, в отличие от брата, кронштадтского командира Моллера 1-го) ведомость, «какие именно корабли, фрегаты и суда, после бывшего 7-го числа прошедшего месяца ноября наводнения признаются благонадежными к кампании сего (1825 г.) лета». В документе перечислялось все, что осталось от разгромленного стихией флота: 5 кораблей, 9 фрегатов, корвет, шлюп, 3 брига и шхуна.
Остальные 22 линейных корабля и 8 фрегатов больше никогда не вооружались, будто бы поглощенные стихией. Слов нет, очевидцам невиданного наводнения (вода поднялась выше ординара на 3,5 м) картина представилась удручающей: крепость и суда оказались разбросанными в хаотическом беспорядке! Однако 6 кораблей и 4 фрегата устояли в гаванях на своих местах, еще 5 кораблей и 1 фрегат находились в момент катастрофы в сухом доке. Все эти суда повреждений не имели. Кроме этого 10 кораблей и 9 фрегатов удалось снять с мелей и вновь поставить в гавани в том же 1824 году. В следующем году спасли еще один линейный корабль и три фрегата. В 1827-м сняли планируемый к разборке старый корабль «Юпитер». Действительной потерей от наводнения стала разборка прямо на тех местах, куда их забросила стихия, трех линейных кораблей и фрегата Два ценных для флота новых линейных корабля — «Эмгейтен» и «Прохор» — удалось с большим трудом снять с мели через 4–5 лет после посадки.
С конца 1824 года в порту заработали специальные комиссии по освидетельствованию «спасенных» судов. «Приговоры» специалистов для большинства из них были одинаковыми — корабли и фрегаты исключались из состава флота. Часть из них не сразу шла на разборку, а переоборудовалась под блокшивы и магазины. Единственной причиной списания всех боевых единиц являлась «значительная гнилость» корпусов, а не мифические повреждения при наводнении.