Арестам подлежали наиболее реакционные представители административного аппарата, жандармы, полицейские, разведчики и контрразведчики и их агентура, руководители реакционных (с коммунистической точки зрения) политических организаций, эмигрантских структур националистической и белогвардейской направленности. Для этих целей предполагалось активно задействовать находившуюся на польской территории агентуру органов госбезопасности и разведаппаратов пограничных войск. При этом требовалось создать такую агентурно-осведомительную сеть, чтобы охватить «чекистским вниманием» как создаваемую управленческую структуру, так и контрреволюционные круги и нелегальные политические организации. К негласной работе рекомендовалось привлекать лиц, арестовывавшихся ранее польскими властями за революционную и иную антиправительственную деятельность. В директиве ставились также задачи по поддержанию общественного порядка в занятых областях.
В целях предупреждения утечки информацию Директиву получили на руки лишь руководители оперативных групп в Киеве и Минске, заместитель Наркома внутренних дел – начальник ГУГБ НКВД СССР В.Н.Меркулов и начальник Особого отдела НКВД СССР В.М.Бочков, а также Наркомы внутренних дел Украины и Белоруссии И. А.Серов и Л.Ф.Цанава. О том, насколько засекреченным был этот документ, говорит и то, что о его содержании даже первые секретари ЦК компартий Украины и Белоруссии и командующие фронтами узнали лишь от выше указанных руководителей НКВД СССР.
С переходом Красной армии советско-польской границы, оперативные группы НКВД, находясь в зоне действия передовых частей Красной армии, незамедлительно приступили к проведению намеченных мероприятий. Так, в занятом к исходу дня 17 сентября Тарнополе оперативно-чекистская группа захватила помещение разведпляцувки экспозитуры №5, её архив, картотеки и даже некоторое количество личного состава, а к концу ноября удалось разыскать и задержать 60 агентов и содержателей конспиративных квартир польских спецслужб. В руках оперативных групп оказалось большое количество личных и рабочих дел агентов и конфидентов польских разведывательных органов, что позволило выявить около 500 агентов на территории Западной Украины и Западной Белоруссии.
Говоря об особых пограничных батальонах, придаваемых оперативным группам НКВД, следует отметить, что они являлись временными воинскими формированиями и номеров не имели. В начале ноября 1939 года, после выполнения возложенных на них задач, они были расформированы. Приказом НКВД СССР 2 ноября 1939 года для укомплектования вновь организованных областных Управлений НКВД на территории Западной Белоруссии и Западной Украины из состава особых пограничных батальонов было передано в их состав около 150 оперативных сотрудников и более 300 человек из лиц командно-начальствующего, младшего начальствующего и рядового состава пограничных войск для организации там комендантской службы.