Уже на третий день войны областной комитет партии приступил к формированию истребительных батальонов. За необычайно короткое время в их ряды вступило пять тысяч бойцов. Военный отдел обкома, которым непосредственно руководил А. Ф. Федоров, подбирал командный и политический состав этих формирований.
В начале июля 1941 года обком партии направил партийным комитетам области директиву о создании народного ополчения. А уже через десять дней в его составе было почти 55 тысяч человек.
Вся эта огромная организаторская работа областного комитета партии имела немаловажное значение для дальнейшей борьбы с оккупантами. Значительная часть бойцов истребительных батальонов и народного ополчения, участников строительства оборонительных объектов позже влилась в партизанские отряды и подпольные группы.
Алексей Федорович Федоров и его товарищи по работе трудились, не считаясь со временем. Жалели только, что в сутках всего лишь 24 часа и продолжить свой рабочий день нет возможности. Именно тогда был создан Черниговский подпольный обком партии. Его возглавил А. Ф. Федоров.
С первых дней своего существования подпольный обком работал напряженно и плодотворно. Для подпольной работы предстояло оставить в тылу врага около трех тысяч коммунистов. С каждым из них необходимо было встретиться, каждого проинструктировать, назначить пароли, явки, время и место встреч… Особенно тщательно подбирали тех, кому предстояло бороться с врагом в составе подпольных райкомов партии, первичных ее организаций.
Центральный Комитет КП(б) Украины несколько раз принимал решение о составе подпольного обкома партии. Такая необходимость была вызвана тем, что резко менялись обстоятельства, выбывали люди. За время партизанской борьбы, в разные ее периоды в состав Черниговского подпольного обкома партии входили Алексей Федорович Федоров, Николай Никитович Попудренко, Семен Михайлович Новиков, Никита Алексеевич Петрик, Василий Емельянович Яременко, Василий Логвинович Капранов, Владимир Николаевич Дружинин, Федор Иванович Коротков, Иван Елисеевич Цимбалист.
…Инструктивное совещание началось. Вел его Федоров. Он говорил о невиданном испытании, которое выпало на долю советских людей, о необходимости организованной борьбы с лютым врагом, о неизбежности нашей победы. Будущие партизаны услышали из уст секретаря обкома суровый наказ: настойчиво учиться воевать, учиться бить и побеждать вооруженного до зубов сильного противника.
— Наши люди никогда не покорятся фашистам, — говорил Алексей Федорович, — черниговцы отдают все силы, чтобы помочь фронту. Несколько дней тому назад во время вражеской бомбардировки железнодорожной станции Нежин секретарь комсомольской организации Кохан, машинист Жигун и его помощник Кошевой, рискуя жизнью, вывели из огня несколько составов с горючим и боеприпасами.