Во время войны открывается Киево-Печерская Лавра, куда и приходит матушка Алипия в поисках духовного пристанища для ищущей Господа души. Сюда в то время стекался народ из разных уголков страны, в основном из России. Священство Лавры отличалось высокой духовностью, это были священники, прошедшие испытания в лагерях и ссылках. Здесь в то время жили великие прозорливые старцы, умудренные в духовной жизни: преподобный Кукша Одесский (Величко), проповеди которого доводилось слушать матушке Алипии, также высокодуховным человеком, опытным наставником и руководителем был наместник Лавры архимандрит Кронид (Сакун), который стал духовным отцом Агафии и совершил над ней постриг в монашество с именем Алипия (в честь преподобного Алипия Печерского). После смерти архимандрита Кронида в 1954 году Матушка духовно окормлялась у другого светильника схимонаха Дамиана (Корнейчука). Это был великий прозорливый старец, бывший келейник преподобного Ионы, особо близкий к святому.
Матушка всегда трудилась при храме на послушаниях, мыла, убирала, всегда была на службе. Известно, что в это время она подвизалась в дупле старой липы недалеко от колодца преподобного Феодосия Печерского. Подвиг этот она держала в тайне. Архимандрит Кронид благословил ее, и, совершая его по ночам, Матушка днем продолжала труды в храме. При этом она всегда была аккуратно и чисто одета и ничем не отличалась от прочих трудников. Дерево, в тесноте которого молилась матушка Алипия, не сохранилось до наших дней.
Устроиться в монастыре было очень трудно, потому что богоборческая власть не давала прописки. Прибывших женщин часто отправляли в другие женские монастыри, которые могли принять желающих. Матушка
Алипия никуда не просилась, и оставалась при Лавре. Одевалась она как все, в монашеской одежде не ходила. В то время был очень распространен тайный постриг, потому что монастыри были закрыты, в открытые устроиться было нелегко, а если и удавалось, то надзор властей все равно был. Многим приходилось оставаться в миру. Находясь в Лавре в окружении таких великих старцев, матушка Алипия всем сердцем впитывала их пример и наставления. Так преподобный Кукша учил постриженных ничего не делать напоказ, ничего не делать открыто, молиться непрестанно и тайно, учил все терпеть и смиряться, одеваться, ничем не отличаясь от мирских людей. Это была школа, уроки которой матушка Алипия сохранила до конца жизни. Путь к святости – тернистый, и только те, кто пройдет его в глубоком смирении, получат покой от Господа и прославление.