Чаша страданий не миновала и Матушку. Из немногих, известных нам скупых сведений, мы знаем, что заключение находилось в диком, безлюдном месте, поскольку Матушка после чудесного освобождения одиннадцать дней шла по скалистому берегу к ближайшему населенному пункту. Она впоследствии рассказывала об этом, применяя в своей речи свойственную ей форму юродствования, называя себя и всех лиц женского пола в мужском роде: “Я боялся, думал – вот сейчас пучина меня поглотит”. На двенадцатый день Матушка “виноградною тропою” сумела выбраться из скалистого морского побережья в какое-то горное селение. В память об этом на ее локтях остались многочисленные шрамы.
Предположительно место заключения Матушки находилось в Одесской области, о чем мы знаем из рассказов самой подвижницы, а также из свидетельства Самохиной Анны Андреевны, скончавшейся в 1986 году в Австралии. В 1939 году она имела свидание с Матушкой в заключении. О ней Анна Андреевна, а также ее подруга Фрося, урожденная дворянка, узнали по письму-воззванию, которое было случайно ими найдено. В письме будущая великая старица призывала хранить веру в Бога. Такое смелое письмо было передано ими прихожанам Успенского собора, где оно ходило из рук в руки. Брат Фроси Василий, работавший надзирателем в той тюрьме, в которой находилась Агафия Авдеева, устроил им свидание с исповедницей Христовой. Василий был тайным верующим и свидетельствовал Анне и Фросе, что заключенная Агафия несомненно была выдающейся подвижницей и прозорливой старицей. Беседа с Матушкой оставила неизгладимый след в душах женщин, они прониклись к ней необыкновенным уважением и память о нем хранили всю жизнь. Отметим, что старица отказалась от подарков, которые ей были привезены. Матушка Алипия тогда была не в постриге, но молитвенное устроение ее души ощущалось необыкновенно. Разговор коснулся будущего России. Старица предсказала скорую войну, гибель множества народа, смерть двух сыновей Анны Андреевны и то, что третий вернется. В то время у Анны Андреевны был рак груди, о чем женщина просила молиться Агафии. После свидания опухоль остановилась в росте и Анна Андреевна прожила с этой болезнью до 93 лет.
Очевидно, Матушка имела смертный приговор, так как она находилась в камере, из которой выводили на расстрелы. По ее свидетельству вместе с ней в какой-то момент, последующий после многочисленных расстрелов, остались только один священник со своим сыном. Перед смертью священник совершил панихиду по присутствующим, но предсказал, что Матушка останется жива.