25 мая 1993 г. на заседании Совета обороны под руководством президента Эльчибея было принято решение о расформировании 709-й ОМСБР. Причиной было то, что якобы 709-я ОМСБР не подчиняется приказам Министерства обороны. 31 мая 1993 г. министром обороны Дадашем Рзаевым был издан приказ № 0121 о расформировании 709-й ОМСБР. 1 июня 1993 г. на совещании руководителей силовых структур под руководством премьер-министра Панаха Гусейнова был утвержден план операции, целью которой было разоружение и расформирование 709-й ОМСБР, а также арест или уничтожение Сурета Гусейнова.
В чем выражалось неподчинение 709-й ОМСБР Минобороны, так до сих пор и непонятно. Если командир 709-й ОМСБР не выполнял приказы министра обороны, тогда командир бригады должен был быть освобожден от занимаемой должности. На заседании парламента в июле 1993 г., где обсуждались события 4 июня 1993 г., военный прокурор Азербайджана Ровшан Алиев заявил следующее: «Мы заслушали свидетелей после дачи ими показаний для депутатской комиссии. Фактически приказа о расформировании в/ч 709 не может быть, так как речь о таком приказе может идти только в случае потери боевого знамени и структурной реорганизации, проводимой МО. В случае отказа командира выполнять приказ такой приказ не может относиться к личному составу, а только к командиру». На том же заседании парламента прокурор Гянджинского гарнизона Ровшан Юсифов указал следующее: «Утверждения о том, что 709-я бригада отказывалась подчиняться МО, не соответствуют действительности. Гарнизонная прокуратура не располагает ни одним фактом или документом, доказывающим подобное утверждение. Бригада была создана в апреле приказом МО после захвата армянами Кельбаджара. Благодаря ее действиям противник был отброшен от Муровдагского хребта, возвращен ряд важных стратегических высот, о чем хорошо знали в Министерстве обороны». Во время этих же слушаний в парламенте 15–16 июля 1993 г. в своем выступлении экс-министр обороны Дадаш Рзаев также говорил о том, что приказ о расформировании 709-й бригады он отдал в соответствии с указаниями президента Абульфаза Эльчибея и премьер-министра Панаха Гусейнова под предлогом того, что бригада не выполняет распоряжения МО, вышла из подчинения МО. Таким образом, можно констатировать, что никаких фактов, подтверждающих неповиновение 709-й ОМСБР приказам министра обороны, не было. Скорее всего, правительство НФА снова увидело в Сурете Гусейнове противника и решило уже окончательно разобраться с ним и с лояльными ему подразделениями.
2–3 июня 1993 г. в Гянджу начали перебрасывать подразделения Министерства обороны, МВД, ВВ, МНБ и президентской гвардии для проведения операции. Также были сняты и переброшены в Гянджу для участия в операции по разоружению 709-й бригады часть подразделений и артиллерии, оборонявшие Агдам.