По приказу Министерства обороны 709-я бригада была направлена в Агдам в оперативное подчинение командиру 708-й ОТБР. Части 709-й ОМСБР сразу по прибытии, минуя занятие района сосредоточения, взяли контроль над Хыдырлы, заблокировав спуск армянских войск с высоты Еддихырман. 5 июля 1993 г., вместе с подошедшими частями 709-й бригады, части 708-й бригады сумели отбить атаку армянских сил и перешли в контрнаступление. В ходе контрнаступления 5–7 июля 1993 г. азербайджанским войскам удалось освободить села Кызыл Кенгерли и Максудлу к северу от города, а также села Муганлы, Шыхбабалы, Сайбалы, Багбанлар, Новрузлу к югу от города. Наступавшие армянские войска, понеся серьезные потери, были вынуждены отступить на исходные позиции.
После 8 июля 1993 г. на Агдамском направлении сложилось временное затишье в связи с приездом комиссии Минской группы ОБСЕ. За это время для усиления позиций бригады из Агдеринского района к н/п Тарнюот был переброшен 2-й МСБ 709-й ОМСБР под командованием Мурада Гурбанова. После отъезда комиссии Минской группы ОБСЕ и очередной перегруппировки сил, подтянув подкрепления, армянские войска 15–16 июля 1993 г. снова перешли в наступление, нанеся основной удар с захваченных на севере и юге Агдамского района позиций. В ходе ожесточенных боев подразделениям азербайджанских войск удалось удержать основные позиции вокруг города. Но почти все высоты вокруг Агдама уже были захвачены противником.
21 июля 1993 г. армянские войска после мощной артподготовки начали новое наступление. В первый день им удалось захватить прилегающие к городу села Шелли, Ахмедавар, Чухурмехле и Хыдырлы. 22 июля армянские войска после двухдневных боев смогли также захватить села Муганлы, Шыхбабалы, Сайбалы, Новрузлу, Багбанлар, Гияслы и Юсифджанлы. Фактически создалась угроза окружения города. Примерно в 17.00 23 июля азербайджанские войска оставили Агдам и близлежащие села. Оставшиеся части азербайджанской армии отступили в направлении сел Гейтепе – Эйвазханбейли и Зангишалы – Афатли.
После захвата противником Агдама подразделения 709-й бригады занимали оборону к северу от дороги Агдам – Барда. В последних числах июля 1993 г. армянские войска предприняли еще несколько атак с целью дальнейшего продвижения вглубь района. Им удалось захватить села Гейтепе, Эйвазханбейли, четыре прилегающих села и продвинуться вперед на 6 км. Но наткнувшись на сильное сопротивление подразделений 709-й бригады, противник не смог продвинуться дальше.
С конца июля 1993 г. 709-я ОМСБР занимала оборону в северной части Агдамского района. В ожесточенных боях за Агдам были перемолоты последние боеспособные части бригады. 20 августа в связи с назначением Эльдара Алиева начальником военной полиции Гянджинского гарнизона Мехман Ширинов был назначен и. о. командира 709-й бригады. В августе 1993 г. 709-я ОМСБР была выведена в пункт постоянной дислокации в Гяндже. В начале октября 1993 г. 709-я ОМСБР была переформирована в 181-ю мотострелковую бригаду с дислокацией в Бейлаганском районе.