Маритен сопоставлял позиции и возможности атеистического философского экзистенциализма и христианской его разновидности. Он не верил, что в процессе эволюции философской мысли христианский экзистенциализм сможет подняться выше второстепенного места и сокрушить исторический порыв, который дает сегодня атеистическому экзистенциализму широкую власть над умами. Это многолетняя традиция, уходящая корнями в наследие Декарта. Однако эта власть эфемерна. Атеистическая трактовка существования, оторванного от бога, абсурдна, хотя такого рода экзистенциализм занимает свое место в универсуме духа и обладает разработанной метафизикой условий существования человека.
Философия приняла на себя роль уникального высшего знания, заменяющего теологию. При этом философия в течение трех столетий освоила наследие и бремя богословия, и ее великие современные системы лишь внешне свободны от теологии, что столь очевидно проявилось в философии Гегеля. Две противоположные философии: рационализм и иррационализм «развиваются в свете отрицания теологии, по отношению к которой они остаются ancillae (зависимыми)» Маритен Ж. Краткий очерк о существовании и существующем, с. 251-252..
В неотомизме проблема соотношения содержания, функций философии и религии - одна из центральных. Маритен считал, что автономия философии была установлена Фомой Аквинским в принципе. После него обстановка изменилась. Философский империализм великих мыслителей, которые пришли после Декарта, скомпрометировали философию, лишили ее автономности. Так, учение Лейбница о монадах есть не что иное, как метафизическая интерпретация учения об ангелах; мораль Канта -- переложение десяти христианских заповедей; позитивизм Конта пришел к религии человечества; панлогизм Гегеля был направлен на погружение мирового духа в абсолютном разуме. В роли теологов современной атеистической философии выступили Фейербах и Ницше.
Таким образом, имеется странная аналогия между современной эпохой и ХII в. Обрести собственную автономию не только в принципе, но и фактически философия сможет лишь благодаря Аристотелю и Фоме Аквинскому. Философия не станет подлинно автономной, если она не признает важность существования и ценность теологии и своей вторичности по отношению к превосходящей ее божественной мудрости, на чем настаивал Аквинат. Он провозглашал внутреннее превосходство теологической мудрости над метафизической мудростью. В этой сфере ничего нельзя сделать, ибо она независима от нас. Уважая ее, мы спасаем все ступени каждой из форм познания.