Позже его назначают хранителем Минералогического музея Академии наук. Он был неутомим — занимался геологическими изысканиями в Прибалтике, получил степень магистра геологии.
В 1893 г. руководил геологической экспедицией на севере Якутии, вторично посетив острова Новой Сибири…
Ленин писал:
«Для нас важно, что ЧК. осуществляют непосредственно диктатуру пролетариата, и в этом отношении их роль неоценима. Иного пути к освобождению масс, кроме подавления путем насилия эксплуататоров, — нет. Этим и занимаются ЧК., в этом их заслуга перед пролетариатом».
Председатель иркутской чека знать этих слов Ленина не мог, но свое отношение к классовой борьбе строил именно в строгом соответствии с данным высказыванием главного вождя, ибо оно составляло дух всего учения. О другом пути в светлое завтра товарищ Семен и не задумывался.
В июне 1900-го — сентябре 1902-го Колчак проделал вместе с «Зарей» следующий путь: Петербург — Александровск-на-Мурмане — остров Кузькин (ныне остров Диксон) — зимовка у берегов Таймыра (ледовый плен здесь продолжался И месяцев) — мыс Челюскин — море Норденшельда (ныне море Лаптевых) — остров Беннетта (высадка не удалась) — лагуна Нерпалах у острова Котельный (здесь опять зимовали И месяцев) — новое плавание в район предполагаемой Земли Санникова и новая попытка пробиться к острову Беннетта (куда по льду ушел с тремя спутниками барон Толль) — бухта Тикси. Во время зимовок совершали поездки на собачьих нартах и лыжах.
В октябре 1900 г. Александр Васильевич участвовал в поездке Толля к фиорду Гафнера, надо было устроить продовольственное депо. По ходу путешествия была определена истинная форма Таймырской губы.
20 апреля — 30 мая 1901 г. они вдвоем с Толлем путешествовали по Таймыру. Все 500 верст пути Александр Васильевич вел маршрутную съемку, опиравшуюся на девять определенных им астропунктов.
Позже Колчак (где со спутниками, а где и в одиночку!) впервые пересек остров Котельный, измерив высоты барометрической нивелировкой, проехал поперек Земли Бунге от устья реки Балык-тах к южной части острова Фаддевский, совершал разъезды по льду к западу и северу от острова Бельковский, им открыт остров Стрижев, и еще много других важных и нужных дел он исполнил.
Толль отметил, что Колчак «не только лучший офицер, но он также любовно предан своей гидрологии».
Под руководством Александра Васильевича проводились (по возможности круглосуточно) комплексные гидрологические исследования. Он измерял глубины, вел съемку и опись берегов. Западные берега Таймыра и соседних островов приобрели совершенно новые очертания на картах. Он выходил на разведку на паровом катере или шлюпке, вел постоянные наблюдения за состоянием льдов, контролировал ежечасный отсчет прилива на зимовке. Помогал астроному и магнитологу Ф. Г. Зеебергу. Для этого на первой зимовке выстроили специальный снежный домик на островке возле рейда «Зари». Зееберг и Колчак провели полные астрономические наблюдения на мысе Челюскин для проверки и уточнения его координат.