Региональные архивы также располагают богатыми собраниями документов на избранную тему.
Особое значение имеет Российский государственный исторический архив Дальнего Востока (РГИА ДВ), фонды которого содержат основную массу использованных в работе источников— Ф. 244 «Владивостокское епархиальное управление дальневосточного областного церковного управления в г. Чита Священного Синода и Высшего церковного Совета Русской Православной Церкви г. Владивосток», Ф. 702 «Канцелярия Приамурского генерал-губернатора», Ф. 757 «Благовещенская духовная консистория», Ф. 1009 «Камчатская духовная консистория г. Благовещенск», Ф. 1133 «Канцелярия губернатора Сахалинской области г. Александровск-Сахалинский», Ф. 1137 «Сахалинская областная тюрьма г. Александровск-Сахалинский», Ф. 1154 «Начальник Южно-Сахалинского округа п. Корсаковский», Ф. 1164 «Александровский окружной начальник поста Александровского».
В указанных фондах также собраны документы как церковного, так и светского делопроизводства. Документы духовных консисторий – клировые ведомости и послужные списки сахалинского духовенства, отчеты, доклады и письма благочинных, путевые заметки правящих архиереев. Различные инстанции военных и гражданских властей представлены отчетами начальников и губернаторов острова Сахалин, записками начальников округов и островных тюрем, перепиской с настоятелями церквей по хозяйственным и прочим вопросам. Довольно обширный фонд канцелярии начальника острова Сахалин позволил посмотреть на жизнь православных священнослужителей изнутри, дать соответствующую оценку их деятельности в период формирования сахалинского общества.
Документы, которые касаются церковной жизни острова, сосредоточены также в Государственном историческом архиве Сахалинской области (ГИАСО) – Ф. 20 «Документы военного губернатора острова Сахалин» и Ф. 1038 «Объединенный фонд документов по истории острова Сахалин».
Среди документов здесь присутствуют записки о состоянии церковной жизни и сведения об отдельных станах Камчатской епархии, а также отчеты сахалинских губернаторов.
Для более полного раскрытия представленной в монографии темы был использован корпус опубликованных источников.
В этом списке особое место занимает издание А. П. Чехова «Остров Сахалин». В книге автор дает оценку религиозной ситуации, приводит некоторые факты из богослужебной жизни островных приходов[41]. Также представляют ценность труды и воспоминания Ч. Г. Хоуза, Н. Я. Новомбергского, А. М. Разумовского, А. А. Панова, В. М. Дорошевича и А. П. Саломона. Некоторые работы перечисленных авторов представляют собой не монографии, охватывающие широкий спектр проблем, а статьи по отдельным узким вопросам.