Деятельность Ассоциации пользователей М-20, собиравшей и распространявшей прикладные программы для М-20, М-220, М-222, также проходила под непосредственным влиянием М. Р. Шуры-Буры.
В середине 60-х годов, когда ИТМ и ВТ под руководством С. А. Лебедева разрабатывал архитектурные решения универсальной ЭВМ второго поколения БЭСМ-6, М. Р. Шура-Бура активно участвовал в обсуждении этих решений на совещаниях в Москве, Ужгороде, Беловежской Пуще. В дальнейшем ИПМ в лице отдела М. Р. Шуры-Буры принимал активное участие в создании программного обеспечения для БЭСМ-6. Здесь наиболее крупной разработкой была ОС ИПМ, выполненная под руководством И. Б. Задыхайло.
В конце 60-х годов в стране было необходимо решить вопрос с выбором архитектуры семейства (ряд программно совместимых компьютеров третьего поколения) ЕС ЭВМ.
Принципиальное значение для этого решения имела точка зрения Академии наук СССР, которую в значительной степени формировал ИПМ, как крупный пользователь высокопроизводительных ЭВМ для научных расчетов, и лично М. Р. Шура-Бура. Эта точка зрения состояла в том, чтобы обеспечить программную совместимость ЕС ЭВМ с наиболее распространенным на Западе семейством – IBM/360.
Для подробного изучения архитектуры и программного обеспечения IBM/360 отделом М. Р. Шуры-Буры (В. С. Штаркманом) были организованы ряд семинаров, в которых участвовали специалисты многих заинтересованных организаций.
После принятия решения М. Р. Шура-Бура осуществлял научное руководство разработкой программного обеспечения ЕС ЭВМ. В 1978 г. за выполнение этой работы М. Р. Шура-Бура в числе других участников был удостоен Государственной премии СССР.
В 80-х годах отдел М. Р. Шуры-Буры принимал участие в создании оригинальной архитектуры скалярно-векторной многопроцессорной ЭВМ ЕС 1191, проводившейся НИЦЭВТ по ТЗ, согласованному с академиками Ю. Б. Харитоном, А. Н. Тихоновым, В. С. Семенихиным. От ИПМ в разработке программного обеспечения для ЕС 1191 (ассемблер, операционная система) принимали участие И. Б. Задыхайло, В. А. Крюков, В. С. Штаркман, Степанов. Судьба этой машины сложилась неудачно из-за того, что условием ТЗ было применение только отечественной элементной базы, а она к этому времени уже значительно уступала западной (1,5 тыс. вентилей/кристаллов против 200 тыс.). Но ее программное обеспечение отвечало мировому уровню.
Характеристика работ отдела М. Р. Шуры-Буры в области операционных систем для отечественных ЭВМ будет неполной, если не упомянуть об опыте создания операционной системы для ЭВМ «Весна», выполненной в первой половине 60-х годов под руководством В. С. Штаркмана.