В августе 449 года собрался вселенский собор в Эфесе, руководимый Диоскором. Рим сначала совершенно игнорировали, потом оскорбили в лице его неуверенно действовавших представителей и лишили его первенствующего положения. Диоскор добился от собора постановления, что надо сообразоваться с Никейским и Эфесским (431) соборами, бывшими представителями древней веры: «после воплощения существует единая, ставшая плотью природа». Нового символа выставлено не было; Евтихию был возвращен сан, и на основании никейского символа (!) главари антиохийцев, а также Флавиан, Евсевий Дорилейский, Феодорит, Домн Антиохийский были смещены; одним словом, церковь была основательно очищена от «несторианства». Все это было сделано почти единогласно. Через два года многие епископы, принимавшие участие в этом решении, выставляли его как вынужденное (latrocinium Ephesinum, говорит Лев). Очевидно, Диоскор со своими фанатическими монахами терроризировал собор. Однако, гораздо более сильное давление понадобилось впоследствии на Халкидонском соборе. Диоскор действительно привлек для проведения этого решения восточную веру, и несравненная победа, которую он одержал, могла рассчитывать на прочность в церкви, если бы не вмешались посторонние силы (государство, Рим). Но Диоскор вооружил против себя папу и византийскую государственную идею и не считался с общим отрицательным отношением к правому крылу своих союзников, которые были скрытыми аполлинаристами. Он реабилитировал Евтихия, не осудив категорически тех опасных положений, какие постоянно высказывал он и его сторонники.
28 июля 450 года Пульхерия и Маркиан наследовали Феодосию; до этих пор Лев напрасно старался оказать противодействие собору. Теперь Маркиан, решившийся сломить господство александрийского епископа, нуждался в папе. Лев хотел осуждения Диоскора и принятия своего догматического послания без собора. Но император должен был настаивать на том, чтобы произвести полное обновление. Это могло быть достигнуто только при создании также и новой догматической формулы, которая обнаруживала бы неправоту египтян, но, вместе с тем, не отдавала бы полного преимущества и антиохийцам. Политические соображения указывали как на единственный исход на подготовленную уже до некоторой степени униатским исповеданием 433 года, но все еще новую для Востока западную формулу (Льва). Собор действительно собрался в Халкидоне в 451 году. Папским легатам было предоставлено почетное председательство: Лев внушил им ни в чем не поступаться первенством Рима. Большая часть, 500-600 епископов были настроены, подобно Кириллу или Диоскору, в высшей степени неприязненно ко всякому несторианству и враждебно к Феодориту; но император держал собрание в своих руках. Было твердо решено, что Диоскор должен быть лишен сана и что должна быть принята догматическая формула в духе Льва, так как решение 449 года было уничтожено как «вынужденное». Но также твердо было решено, что нельзя жертвовать памятью и учением Кирилла. Поэтому Диоскор после в высшей степени позорного процесса был лишен сана не как еретик, а за непокорность и беззаконные действия. Большинство епископов в присутствии императорских комиссаров, отреклись от своего прошлого и покинули Диоскора и постановление 449 года; но только путем обмана и угрозы удалось заставить епископов признать догматическое послание Льва, которое на Востоке каждому должно было казаться несторианским, и принять учение о двух естествах в Христе также и после воплощения. Еще в последнюю минуту была сделана попытка – правда, не удавшаяся – выдвинуть догмат о различии естества только в понятиях. На пятом заседании были утверждены постановления 325, 381, 431 гг. (Кирилловский собор с этих пор стал считаться третьим вселенским собором), была признана их достаточность, но было замечено, что в видах лжеучителей, которые, с одной стороны, отвергают слово «Богородица», с другой, хотят ввести смешение и слияние естества, «неразумно предполагая единую природу плоти и божества и признавая божественную природу способной страдать», необходимо принять как письма Кирилла к Несторию и к восточным епископам, так и послание Льва – следовательно, concordia discors.