Собор этот был открыт 28 июня 1245 года. Папа, пропев "Veni, Creator Spiritus" ("Приди, Дух Создателя!"), произнес речь, содержанием которой были пять скорбей, которыми он был терзаем, уподобленные пяти ранам Спасителя мира, распятого на кресте. Первой скорбью было вторжение татар, второй – раскол в Греции, третьей – нашествие хорезмийцев на Святую землю, четвертой – успех еретических учений, пятой, наконец, – противостояние с Фридрихом. Хотя папа и упомянул о монголах в начале своей речи, собрание обратило на них мало внимания: татары отступили перед опустошениями, произведенными ими самими, и удалились из Венгрии, которую они превратили в пустыню. Главнейшие же заботы отцов собора были о Константинополе и Иерусалиме. Проповедан был крестовый поход с целью освобождения того и другого; собор постановил, что духовенство будет уплачивать двадцатую часть, а папа и епископы – десятую часть в пользу крестового похода.
Также на Лионском соборе издано было несколько постановлений для воспрепятствования успехам ересей; но все это было не главной заботою Иннокентия IV. Из пяти великих скорбей, о которых он упоминал в своей речи, противостояние с Фридрихом принимал он ближе всего к сердцу. Напрасно император обещал через своих посланников остановить вторжение монголов, восстановить в Греции владычество латинян и пойти самому в Святую землю; напрасно клялся возвратить Святому престолу все, что отнял, и загладить свою вину перед Церковью. Папа, имевший основания не доверять искренности его обещаний, был неумолим и не захотел отвратить "секиру, готовую поразить". Он приговорил Фридриха к отлучению от Церкви, лишил его императорской власти и запретил навсегда повиноваться ему. Отлучение могущественного императора произвело эффект разорвавшейся бомбы: все были глубоко потрясены решением Папы, даже противники Фридриха пожалели его.
В свете всех происходящих тогда событий Европа забыла бы о бедах христиан Святой земли, если бы один благочестивый монарх не встал во главе нового крестового похода, провозглашенного Папой и епископами.
За год до Лионского собора Людовик IX, только что пережив тяжкую болезнь, возложил на себя знаки пилигримов. А после собора он сообщил баронам об ужасном положении Святых мест. Он убеждал всех слушающих его воинов вооружиться на защиту славы Божией и славы имени Франции на Востоке. Когда Людовик кончил свою речь, три его брата, Роберт, граф Артуасский, Карл, граф Анжуйский, и Альфонс, граф Пуатьерский, поспешили принять крест; королева Маргарита, графиня Артуасская и графиня Пуатьерская поклялись сопровождать своих супругов. Примеру короля и принцев последовала большая часть прелатов, присутствовавших в собрании. Между знатными владетелями, поклявшимися тогда идти биться с сарацинами, были Петр Дреский, герцог Бретонский, граф де ла Марш, герцог Бургундский, Гуго Шатильонский, графы Суассонский, Блуаский, Ретельский, Монфорский, Вандомский. Все знатные и влиятельные современники Людовика приняли решение следовать за ним.