Переплет, современный рукописи, со следами реставрации, проведенной, по-видимому, в середине XIX в., на внутренней стороне верхней крышки переплета был наклеен бумажный лист без вержеров, аналогичный лист использован в качестве защитного (условно обозначен здесь как л. Iа). Доски выступают за книжный блок, их размер: 33 х 21 см. Застежки утрачены, остались скобы на верхней крышке.
На обороте верхней крышки — экслибрис, как и в рукописи А: «Патриаршая библиотека. Собр. Синодальная. №. 288 (П997)"»; запись «П-997» обозначает номер, под которым рукопись описана Т.Н. Протасьевой. Здесь же — прямоугольная чернильная печать «Отдел рукописей. ГИМ», а также карандашная запись: «Синод. № 288».
На листе, пронумерованном римской цифрой I первого счета, — запись скорописным почерком конца XVII в.. «Книга писменая Вертоград названа». В середине того же листа — вклейка с номером, написанным чернилами, «700«», под которым рукопись значится в описи 1749 г.[162]
Нумерация листов и тетрадей. Рукопись В как и автограф, пронумерована ризничим архимандритом Саввой по листам, арабскими цифрами, чернилами (1—658). Листы в начале рукописи позднее были помечены до титульного листа карандашом. римскими цифрами (I-VI), как и пустые листы в конце, после л. 658 (I—VI). На л. IV об. второго счета и на листе нижней крышки переплета — карандашная запись: «Листов 658"» и палеографические заметки К.И. Невоструева (та же рука, что в рукописи А на л. I об.).
В верхних углах листов есть также современная рукописи пагинация буквами кирилловской азбуки, начиная с листа со стихами на букву Аз: с. 1—1232 (со с. 1032 до с. 1216 — пагинация выполнена С. Медведевым, затем — снова другая рука).
Первоначально рукопись имела разметку по тетрадям. Начиная с листа со стихами на букву Аз (18), следуют 79 тетрадей по 8 листов в каждой; сигнатура — на нижнем поле у корешкового сгиба.
Рукопись переплетена с чистыми листами, между стихами также оставлены свободные места для того, чтобы сохранялась возможность поставить на соответствующее место пропущенное при переписке или вновь появившееся стихотворение.
В процессе разрастания текста «Вертограда» в рукопись вклеивались отдельные листы, образовавшиеся разрывы в нумерации страниц были устранены С. Медведевым введением дополнительной (также буквенной) пагинации: ПА а (с. 81/>1) = л. 58. ПА в (с. 81/>2) = л. 59, ПА г (81/>3) = л. 60; CϚГ а (с. 263/>1 = л. 158, в (с. 263/>2) = л. 159; СОΘ а (с. 279/>1) = л. 167. СОΘ в (с. 279/>2) = л. 168; ТЕ а (с. 305/>1) = л. 181. ТЕ в (с. 305/