Туда, из всех существующих организаций Империума, не входили лишь признанные самим Императором «внешние» организации. Адептус Механикус, Совет Старейшин Скватов (о чём я узнал, признаться, не без некоторого веселья, разбираясь с данными по Шеку и возможной теоретически, тогда, колонии в Гелиферианском секторе), Адептус Астартес — так их статус был довольно двояк, в силу как орденской структуры, так и прочего, начленоверченного Лордом-Командующим Жиллиманом (до ума толком, как понятно, не доведённого), ну и Инквизиция, имевшая исключительно прямую подчинённость самому Императору.
Соответственно, Экклезиархия, для мало-мальски знающих, выходила невнятным и незаконным сборищем. Но это де-юре.
А вот де-факто картина была весьма отличная. В тысячелетие после ереси Гора попы затеяли ползучую экспансию, называеваемую ими «миссионерской деятельностью». И вели себя относительно тихо, совращая религиозными бреднями массы, до момента, когда Примархи кто помер, кто свалил в кусты. За деяниями этих типов присматривали, но вроде они и не бузили, а в сотрясаемом последствиями Ереси и фактической гибели (или комы, что не принципиально для государства) Императора государстве было не до них. Более того, часть усилий попов и их паствы были направлены на стабилизацию общей ситуации по Империуму, так что на них забили.
Но вот, Примархи, сыновья или клоны (вопрос точки зрения) Импи исчезают, и ушлые попы под гнусавые вопли «Император защищает!» провозглашают себя чуть ли не правителями Империума и прямыми наследниками Импи, проводниками Его Божественной Воли. На первый раз они получили по шеям, но тогдашние Лорды и Инквизиция оказались в ситуации, когда момент клювом прощёлкан. Только-только худо-бедно усмирена пылающая бунтами Галактика, спал пик резни с бодро набигающими легионами предателей, а вот экклезиархия стала реальностью и воплощением Империума чуть ли не для большинства подданных.
Были дебаты, конфликты, но в итоге требование попов назвать их государственной религией выполнили: в противном случае Империум ждала бы ещё одна гражданская война, которую и так обессиленное государство уже не пережило бы.
Да и тот факт, что Кредо давало определённую защиту от варпа и его проявлений, забывать не стоит.
В общем, Империум выжил, окреп, но вместе с ним это сделало и пятое колесо экклезиархии, став фактически неотделимым от Империума как государственного образования.
Но, как понятно, жадность попов границ не имела. Так что стали они грести под себя звания, полномочия, Миры и прочее. Собственно, это можно считать началом эры отступничества — проявленная безудержная жадность жрецов. И вот в один прекрасный момент тогдашний Верховный Лорд Терры частично сговорился с самыми толстыми попами, частично пристукнул тех, кто хотели быть батьками сами. И стал и верховным экклезиархом и верховным Лордом Терры.