За две недели до смерти Бог послал блаженной Своего ангела, чтобы предупредить ее о предстоящей кончине. Вот как об этом рассказывает очевидец:
«Это было 13 февраля. Подхожу я к сарайчику блаженной. Мой след на снегу первый, никаких других следов нет. Но слышу в сарае идет беседа. Один голос принадлежит матушке, а другой – нежный, чудесный, каких на земле нет, кому-то другому. Этот голос говорит громко, но я ни одного слова не могу понять. Я обошел вокруг сарая – никаких следов, ведущих к избушке, на снегу не обнаружил, на крыше тоже метр снега. У меня волосы на голове под шапкой поднялись дыбом. Снова прислушался – идет беседа, но ничего не пойму. Только последние слова Варвары Васильевны разобрал: „Хорошо, приготовлюсь“».
Пред самой кончиной попустил Господь блаженной еще одно страдание. В субботу вечером 26 февраля в сарае случился пожар. Было такое чувство, что бесы периодически поджигали жилище старицы, пытаясь выгнать ее из любого места, где она подвизалась. Так было и в этот раз. Жилище сгорело полностью, старица почти не пострадала. Небольшие ожоги, которые она получила, никак не могли быть причиной ее смерти. Но, тем не менее, блаженная тихо и мирно предала свою душу Богу 27 февраля 1966 года. Ей тогда шел семьдесят шестой год.
В день похорон Солнце стало играть, как на Пасху, все в радужных кругах, началась даже весенняя капель, как будто на дворе был не февраль, а начало апреля.
Когда преподобную положили в гроб, то было впечатление, что там лежит ребенок восьми-девяти лет. Блаженная была лёгкая, как пушинка, а лицо ее было подобно ангелу. Священнику в это время проводить богослужение вне храма было запрещено. Поэтому отпевали старицу заочно. Гроб несли девять девочек десятиклассниц, из числа тех, кто пришел на похороны.
Провожало в последний путь старицу огромное количество народа и голубей. Непонятно было откуда прилетели птицы, но пока шла процессия, сотни, а может тысячи голубей кружились над гробом в небе, а после погребения так же быстро исчезли, как и появились. В день похорон Солнце стало играть, как на Пасху, все в радужных кругах, началась даже весенняя капель, как будто на дворе был не февраль, а начало апреля. Хотя накануне стоял лютый мороз. Чудеса на могиле старицы стали совершаться сразу же после погребения. Было также зафиксировано и немало исцелений от воды, набранной в роднике, который выкопала святая. Эти чудеса совершаются до сих пор, чему есть немало свидетельств.
Сейчас святые мощи блаженной Варвары Скворчихинской находятся в Богородице-Тихвинском женском монастыре посёлка Приютово Белебеевского района Республики Башкортостан. В 2001 году патриарх Алексий II благословил прославить подвижницу в лике месточтимых святых Уфимской епархии.