Одна из четырех групп были троцкистами в РККА: сотрудники разведупра Чернявский и Беннет, инжнер ЦАГИ Новожилов, два слушателя военной академии и еще несколько других фигур. Было установлено, что Чернявский прямо контактировал с троцкистами и получал от них деньги. Все эти факты были изложены Н. Ежовым на пленуме ЦК 6 июня 1937 г. На пленуме присутствовал Енукидзе, еще числившийся в составе руководящего органа партии.
В ходе чистки оказалось, что Кремль кишел троцкистами, зиновьевцами, из 107 сотрудников секретариата ЦК 98 оказались троцкистами и зиновьевцами.
Ежов уже отказался защищать провалившегося Енукидзе, он прямо заявил на его счет:
«Знал ли о таком состоянии аппарата ЦИК СССР тов. Енукидзе? Несомненно, знал. Его не однажды сотрудники Кремля, коммунисты, об этом предупреждали. Однако он неизменно игнорировал все сигналы и заявления о засоренности, подозрительном поведении и даже об антисоветских настроениях и выступлениях отдельных сотрудников аппарата, расценивая все это как склоку. »112
Далее на пленуме остальные выступавшие делегаты также осудили Енукидзе. Когда ему дали слово, Ягода перебил его, заявив, что он говорил ему о неблагонадежных людях. Оправдываясь Енукидзе говорил, что он проверял людей, не верил всем доносам, не всегда объективно подходил к делу. Он признавал ошибки, но не злой умысел, старался смазать все. Затем снова выступали делегаты, критиковали его в мягкой форме, но затем слово взял Ягода, который произнес жесткую речь, заявив сразу, что Енукидзе вне партии. Ягода сказал:
«Я напомню Енукидзе целый ряд фактов, которые показывают, что уже в 1928 году шел процесс его перерождения и притупления бдительности в отношении врага. Если провести нить от этих фактов 1928 года к событиям 1935 года, то нужно сказать, что Енукидзе не только способствовал врагу, но что он объективно был также соучастником контрреволюционных террористов. Другого вывода сделать нельзя, ибо злейший враг под покровительством именно Енукидзе чувствовал себя в Кремле, как дома.»113
Енукидзе на пленуме избивал его главный сообщник по антисоветскому заговору Г. Ягода. Избивал без опасения, что тот выдаст его соучастие в заговоре. Потому что во-первых, тогда бы неизбежно вскрылся бы факт существования право-троцкиского блока, его личное соучастие в убийстве Кирова, во вторых Енукидзе знал, что Ягода в любом случае будет его единственным шансом уцелеть, он мог избивать его на пленуме, чтобы показать, как он "борется" с врагами народа, но на деле после он будет его защищать. На пленуме выступали и другие заговорщики – Косиор и Кабаков, Енукидзе знал, что они в составе заговора и не выдал их. Он был исключен из партии и отправлен в Харьков работать руководителем автомобильного треста. После этого в течении полугода охота на заговорщиков частично приостановилась, возобновившись в начале 1936 года.