Вскоре ее в ЦК принял Ежов. В беседе Мария Томская назвала ему фамилию Ягоды, по ее словам он был активным правым. Еще Ежов сослался на слова своего информатора Агранова, что Ягода подозревал, что Томский имел в виду именно его. Ежов и Агранов приблизительно с весны 1936 г. работали вместе в обход Ягоды. Неизвестно, знал ли об этом сам Ягода или нет, но Агранов стал сам предоставлять Ежову о положении дел в НКВД.
9 сентября Ежов в письме Сталину, который в это время отдыхал на юге, сообщил все эти факты, однако он не сделал однозначных выводов, заявив, что не знает было ли сообщение Томского из могилы правдой или нет. 124 Ежов был крайне осторожен, не показывая свою заинтересованность, ведь Гаммерштейн дал ему указание стать наркомом НКВД.
Можно понять, что для Сталина значила эта информация, что он 7 лет ошибался насчет Ягоды, что слова Бухарина в 1929 году про поддержку правых с его стороны оказались правдой. Это значило, что Ягода лгал Сталину, в своем заявлении 6 февраля 1929 г., когда писал, что все это ложь. Следующие 16 дней прошли в неопределенности в отношении Ягоды.
11 сентября Ягода дал указание арестовать провалившегося Пятакова, связав его с группой зиновьевцев, троцкистами, вредительством. Об этом он сообщил Сталину 14 сентября. Пятаков назвал ряд фамилий и среди них снова не было ни одного правого, даже из тех, кого недавно называли Зиновьев и Каменев. Ягода до последнего старался зашить брешь, которая образовалась в ткани организма заговора.
Время шло, Сталин ничего не предпринимал против Ягоды. 23 сентября прокуратура СССР объявила, что прекращает следственные действия по Бухарина, потому что они не были причастны к преступлениям, в худшем случае за ним была лишь политическая ответственность. 126 Это сообщение вероятно стало вторым фактором после письма Томского, которое убедило Сталина в необходимости отстранения Ягоды. Именно нарком НКВД мог свести все дело к невиновности лидеров правых. Он еще не мог быть уверен в том, виновны они или нет, но определенно доверять Ягоде было уже нельзя.
25 сентября 1936 г. Сталин пишет в Москву знаменитое письмо, где требует отстранить Ягоду с поста наркома НКВД и назначить вместо него Ежова. Следующие пять дней Ежов не мог вступить в свои новые полномочия, Ягода до последнего не хотел покидать свое "родное" рабочее место. Лишь 1 октября Ежов вошел на Лубянку в качестве нового руководителя ведомства. Ягоде Сталин любезно предложил перейти в наркомсвязь. Это тоже было утверждено.
Военный заговор ускоряется. Германия готовит ответный ход