Стэнфордский институт утверждает, что он не даёт моральной оценки проектам, которые он принимает в работу, исполняя заказы для Израиля, Арабских Эмиратов, Ирака, Южной Африки, Ирана и Ливии, но, как легко представить, такое отношение позволяет ему успешно устанавливать устойчивые тайные связи с иностранными правительствами, что ЦРУ находит весьма полезным.
В книге Джима Риджуэя «Закрытая корпорация» (Jim Ridgeway The Closed Corporation), не настроенной против СИИ, представитель института Гибсон хвастает, что СИИ является крупнейшим военным «мозговым центром» мира, превосходящим Гудзоновский институт и корпорацию «Рэнд».
Среди наиболее опасных видов деятельности СИИ есть операции по подавлению мятежей среди гражданского населения – именно такие разработки в духе книги «1984» правительство уже использует против своих собственных граждан. Эти крайне сомнительные «исследования», стоимостью в миллионы долларов, ежегодно оплачиваются из бюджета страны, формируемого за счёт средств налогоплательщиков. После студенческих протестов против проводившихся в СИИ экспериментов с химическим оружием, Стэнфорд «продал» себя всего за 25 миллионов долларов одной частной группе. Столь низкая цена вполне позволяла заподозрить, что это была всего лишь «бумажная» сделка. Конечно, на самом деле ничего не изменилось. СИИ остался Тавистокским проектом, и Комитет 300 всё ещё владеет им, но доверчивые люди, кажется, удовлетворились несколькими ничего не значащими косметическими изменениями.
В 1958 году появилось нечто совершенно новое. «Управление перспективного планирования оборонных научно-исследовательских работ» (DARPA), агентство, выполняющее контрактные заказы Министерства обороны, обратилось к СИИ с совершенно секретным предложением. Джон Фостер Даллес из Пентагона сказал, что высшим приоритетом СИИ должна стать разработка программы защиты США от «технологических сюрпризов». В это время Соединённые Штаты отставали от Советской России по военным разработкам в области радиочастотного и атмосферного оружия почти на пятнадцать лет. Даллес был, несомненно, обеспокоен сообщениями ЦРУ об удивительных успехах Советского Союза в области разработки оружия на основе крайне низких радиочастот (КНЧ, ELF), а также искусственного воздействия на погоду. Даллес хотел создать такие условия, при которых сама окружающая среда превращалась бы в оружие, то есть он хотел иметь специальные бомбы, вызывающие извержения вулканов и землетрясения; кроме того, он планировал также исследовать модели поведения потенциальных противников, а также создавать новые минералы и металлы для использования в новых видах оружия. Проект был принят СИИ под кодовым названием «ШЕЙКИ» (SHAKY).