Очутившись в Истре, Щусев вновь превратился в художника, создав на пепелище серию этюдов совместно с Е. Е. Лансере, выставленную позднее на обозрение в Московском доме архитектора. Выставка произвела большое впечатление.
Находясь в Истре, Щусев вспоминает молодость — как когда-то, метр за метром обходя мавзолей Тамерлана в Самарканде и древние храмы в Ростове Великом, так и сейчас он подробно обмеряет оставшиеся на месте монастыря развалины — всё, что когда-то называлось его главными воротами, башнями и стенами, кельями — с целью создания проекта его дальнейшего восстановления. Он собирает в архивах оставшиеся с довоенных времен планы и чертежи, фотографии, пытаясь найти основу для возрождения обители.
Щусеву вновь суждено было помериться силами с ведущими русскими зодчими, в творчестве которых Ново-Иерусалимский монастырь занял прочное место. Дело в том, что шатер ротонды Воскресенского собора обрушился впервые еще в 1723 году, после чего неоднократно предпринимались попытки его восстановления. Свою лепту в разрушение обители вносили и пожары. А поскольку значение Ново-Иерусалимского монастыря в глазах российских самодержцев было огромным, то на его восстановление и ремонт направлялись лучшие архитекторы — Иван Мичурин, Дмитрий Ухтомский, Бартоломео Растрелли, Карл Бланк, Александр Витберг, Константин Тон, Федор Рихтер и другие. Даже дух захватывает от одного перечисления имен, к которым теперь прибавился и Алексей Щусев. Впоследствии эстафету по восстановлению обители принял выдающийся реставратор Петр Барановский.
Но Щусев не был бы Щусевым, если бы ограничился лишь одной реставрацией древнего монастыря, его заинтересовала судьба и самого города Истры. И здесь он позволил себе забыть о том времени, которое пережил и в котором ему еще удавалось существовать. Щусев, тот самый автор мавзолея и конструктивистского дома Наркомзема, решил создать новую Истру как город-курорт Северный Сочи в стиле… XVII века:
«Окруженный лесистыми холмами и омываемый извилистой рекой, протекающей в живописной долине, этот город как бы призван быть подмосковной здравницей… Самой застройкой и архитектурой общественных и жилых зданий мы хотели создать как бы единый организм небольшого подмосковного города, сохранить и выявить в застройке города красоту подмосковной природы…
Богатейшее наследие мотивов московской архитектуры дает возможность на колоритной и разнообразной основе построить архитектуру нового города, включая двух- и одноэтажные деревянные домики, дачи, турбазы и гостиницы в живописных окрестностях города.