В июле 1941 года Кишинев вновь был оккупирован румынскими войсками, три года оккупации плачевно сказались на его состоянии. Освободившие город в результате Ясско-Кишиневской операции советские солдаты увидели руины. Для Щусева это стало возможностью отдать должное городу своего детства и юности. Он, не дожидаясь окончания войны, принялся за план восстановления Кишинева.
Архитектор приехал в Кишинев в 1945 году. Пришел в отчий дом, много вспоминал, рассказывал. И вновь рисовал. Он даже нашел одного из своих учителей. «Алексей Викторович был очень добрым человеком. Хочу подкрепить это утверждение несколькими примерами. Когда Молдавия была присоединена к СССР, Алексей Викторович, родившийся в Кишиневе, съездил на родину. Оказалось, что один из учителей гимназии, которую он окончил, еще жив, но находится в очень большой нужде. Алексей Викторович стал ежемесячно высылать ему по тысяче рублей», — вспоминала Ирина Синева.
На одном из дружеских вечеров, куда пришло немало местных архитекторов, Щусева порадовали сообщением о том, что Леовская улица будет отныне носить его имя. А людей к нему приходило действительно много, один из них свидетельствовал: «Мы все ждали его с нетерпением. Думали увидеть старого человека с седой бородой, слыхали, что нашему академику за 70 лет, а пришел человек в средних летах, бодрый, веселый, обо всем нас расспрашивал и сам нам много рассказывал. Очень был к нам, рабочим, внимателен».
Несмотря на огромную занятость, наведывался он в Кишинев и для того, чтобы встретиться с молодыми молдавскими зодчими. «Пожалуйста, приезжайте в Москву, — говорил он им, — я помогу всем, чем смогу». И советовал: «Каждый, кому выпало счастье принять участие в восстановлении такого большого города, должен ценить эту работу как действительно замечательную… За общей планировкой города идет планировка его центра, после центра идет архитектура, идут детали… Я считаю большим счастьем для каждого из молдавских архитекторов участвовать в этой работе по восстановлению всей республики. Работы здесь, по крайней мере, на 15–20 лет. Значит, лучшая часть жизни человека будет посвящена этой работе. От этой работы нельзя отказываться, ею надо гордиться… Архитектор должен иметь высокую культуру. Ведь он руководит восстановлением городов, жилья, он своим трудом обеспечивает счастье человеку, который живет в этом городе. Сознание того, что мой труд необходим для счастья человеку, является очень важным стимулом… По литературе, журналам вы можете ознакомиться с нашими и зарубежными новинками, но в смысле изучения своей архитектуры у вас слабо. Перед вами богатый материал, но вы в нем не роетесь, не ищете, как его приложить к современной архитектуре, и сами мало ездите. Я ездил в Каушаны [посмотреть старую церковку]. Одна эта постройка полуподземная производит большое впечатление — старое мастерство. Это не чистая Византия, в ней сказались мотивы именно молдавского искусства. Возьмите отдельные памятники, даже в самом Кишиневе: Мазаракиевская церковь и т. п. В них налицо специфические черты, которыми нужно воспользоваться, даже старые памятники на кладбище несут на себе признаки молдавского стиля.