В начале 1936 года Нелькен написала в одной из статей: «Нам требуется титаническая по масштабу революция. Нам не подходит даже опыт русской революции. Мы хотим пожарищ, всполохи которых окрасят небеса и моря, и потоков крови, которые зальют всю планету». Маргарита была творческим человеком, любила экспрессивные образы. Франкистская пропаганда часто ссылалась на её высказывания как на типичное проявление «красного мракобесия и разнузданного экстремизма». В радиопрограммах, которые транслировались на Республику, франкистский генерал Кейпо де Льяно мрачно предсказывал: «Если такие, как Нелькен, возьмут верх в Испании, её ожидает террор, от которого содрогнется всё человечество». Республиканцы проиграли, но террор всё же обрушился на страну. Генерал Франко железной рукой очищал Испанию от любого инакомыслия: в расход отправляли коммунистов, социалистов, анархистов, членов масонских лож и даже поэтов…
В годы гражданской войны Маргарита Нелькен вела пропагандистскую работу по разоблачению «пятой колонны» франкистов. Она выезжала на фронт, пламенными речами поднимала боевой дух бойцов. Она не сомневалась, что борьба идёт не на жизнь, а на смерть. «Если враг не сдаётся, его уничтожают, – повторяла она, – альтернативы нет!» Её фотографии постоянно появлялись в газетах: хрупкая женщина в кожанке, перепоясанной ремнём, с неизменным маузером в кобуре. Вездесущая Нелькен часто общалась с руководителями советской резидентуры в Испании – Александром Орловым и его заместителем Наумом Эйтингоном. Она делилась оценками политических сил в испанском правительстве и парламенте, давала прогнозы развития событий, указывала на ячейки «пятой колонны» в министерствах и госаппарате. В оперативной переписке она стала проходить под кодовым именем «Амор».
После поражения республики Нелькен и её семья – мать, дочь Магда и внучка Куки бежали во Францию. Сын Сантьяго был интернирован французскими властями, но в лагере не задержался. Маргарита добилась его освобождения. Сантьяго некоторое время провёл у отца в Голландии, потом уехал в Советский Союз, учиться на инженера.
Эйтингон посоветовал Маргарите перебраться в Мексику: в случае наступления немцев будут отрезаны все пути для бегства из Франции. Намекал: «Предстоит большая работа по нейтрализации Троцкого». Эта перспектива вдохновляла Нелькен. Как многие республиканцы, она считала Троцкого и его последователей главными виновниками поражения Республики.
В Мехико Нелькен вошла в интеллектуальные круги, писала киносценарии и книги об искусстве, участвовала в мероприятиях испанской эмиграции. Партийная работа её по-прежнему интересовала, но внутренние конфликты в КПИ побуждали Маргариту критично относиться к руководству партии, которое, надо сказать, не слишком жаловало внутренне независимую и острую на язык женщину. Были и такие, которые считали её потенциальной соперницей Пассионарии – Долорес Ибаррури – в борьбе за возглавление партии. Сплетни о проблемах, возникающих между Нелькен и мексиканским филиалом КПИ, живо распространялись в испанской колонии. Эйтингон успокаивал Маргариту: «Для нашего дела слухи о твоём троцкизме очень кстати. Тем меньше подозрений будет у полиции. С партией ты потом уладишь, мы поможем».