В Мехико Эйтингон поселился у Нелькен, превратив её дом в штаб-квартиру по проведению операции «Утка». Название выбрал Эйтингон, памятуя о том, что Троцкий любил утиную охоту. Маргарита одобрила включение в оперативную группу в качестве связницы дочери Магды. Она обеспечивала связь резидента с боевой группой Иосифа Григулевича, готовившей атаку на «крепость» Троцкого в Койоакане, на окраине Мехико. Непосредственное руководство боевиками осуществлял художник Давид Альфаро Сикейрос, участник гражданской войны в Испании, имевший прозвище «Лихой полковник».
Провальная атака Сикейроса на «крепость» Троцкого вынудила Эйтингона использовать запасной вариант операции. «Том» заверил Центр: «Мы исправим наш промах». Промах был исправлен с помощью Рамона Меркадера. Операция прошла успешно, но Меркадер был схвачен на месте преступления.
Перед резидентурой в Нью-Йорке была поставлена задача по вызволению Меркадера из мексиканской тюрьмы. Оттуда и осуществлялось руководство операцией. Нелькен входила в «группу поддержки» «Гнома» и была посвящена в некоторые детали операции. «Вытащить» Меркадера из тюрьмы было поручено нелегалам «Хуану»[31] и «Гарри»[32]. Затем планировалась переброска Рамона в Акапулько, и позже – на Кубу. Нелькен подталкивала нелегалов к более энергичным действиям. Она была уверена, что в 1941–1943 годах для побега имелись самые благоприятные условия. Если бы операция удалась, искать в этом «руку Москвы» было бы сложно, поскольку посольства СССР в Мехико тогда ещё не было.
О связях Нелькен с НКВД руководители КПИ в Мексике догадывались и считали, что она «приставлена» к партии для негласного контроля. От Маргариты добивались признаний: «У тебя не должно быть секретов от партии. В чём конкретно ты помогаешь «совьетикос»? Нелькен не поддавалась на давление, поскольку обещала Эйтингону, что при любых обстоятельствах будет молчать. Её обвиняли не только в «скрытом троцкизме», но и «предательской деятельности», в связях с немецкой разведкой. Недруги распространили фальшивку о том, что Нелькен работала на немцев ещё в годы Первой мировой войны, когда «вышла замуж за немецкого дипломата, от которого родила своих детей Магду и Сантьяго». На самом деле Магда родилась в 1915 году вне брака, от богемного художника из тогдашнего окружения Нелькен. Мужем и отцом Сантьяго (родился в 1922 году) был Мартин де Поль.
Злонамеренные выдумки привели в 1942 году к исключению Нелькен из партии «за троцкизм». Она тяжело переживала несправедливость, добивалась пересмотра решения. Эти интриги, сплетни и обвинения пришлось распутывать Тарасову. Свои выводы он сообщил в Центр в мае 1944 года: