Пароходы очень скоро сделались в Америке излюбленным средством передвижения. Есть основание полагать, что уже в 1812 году по рекам Гудзон, Потомаку, Делавару, Миссисипи и Миссури, с их многочисленными придатками, ходило пятьдесят паровых судов. Из них только меньшая часть принадлежала компании Ливингстона и ею контролировалась. Остальные суда были построены и эксплоатировались уже другими многочисленными «компаниями», собиравшими хлеб там, где они его не сеяли. Разыгрывалась трагикомедия, столь обычная для системы капиталистического хозяйства. Пока новая — пусть многообещающая — идея еще не окрепла, не доказала своей выгодности и практичности, ее инициаторы никогда не найдут ни материальной, ни моральной поддержки. Но картина резко меняется как только идея эта одерживает победу. Тогда у нее сразу появляется много друзей, готовых воспользоваться плодами победы.
Фультон и его товарищи поэтому вынуждены были затрачивать немало времени на бесконечные судейские споры и процессы с многочисленными предпринимателями, пытавшимися организацией своих пароходных линий нанести ущерб интересам ливингстоновской пароходной компании. В период между 1808 и 1810 годами Фультону пришлось заняться инженерно-строительными работами, связанными с изысканиями и постройкой новых водных путей. Эту область техники Фультон всегда тесно связывал со всей своей деятельностью по созданию дешевого пароходного сообщения. Новые каналы нуждаются в пароходах, а пароходы в каналах, — утверждал Фультон.
В 1809 году Фультон принял деятельное участие в составлении проекта большого канала от реки Миссисипи до озер Поншартрэн. Тогда же он посоветовал правительству устроить водный путь между западными озерами и рекой Гудзон — идея, начавшая воплощаться в жизнь лишь сто лет спустя… В 1810 году, по поручению правительства, Фультон приступил к изысканиям будущей трассы гигантского канала, который должен был связать озера Эри и Онтарио с Атлантическим океаном. Наступившая вскоре англоамериканская война помешала осуществлению этих многообещающих проектов.
Стеснения, которые американская торговля терпела от закрытия европейских портов и от военных действий на море, с 1807 года обострили взаимоотношения между Британией и Северо-Американскими Соединёнными Штатами.
Фультон увидел, что он может вернуться к своим прежним военно-морским изобретениям. В 1810 году вышла его брошюра, посвященная вопросам подводной войны и минного дела. В ней он высказывается о будущей роли подводных лодок, называя современные ему военные корабли «устарелым воинственным пережитком»… В этот же период Фультон изобрел способ незаметного перерезывания якорных канатов неприятельских кораблей. Подробности этого изобретения не сохранились.