Одновременно с атакой на Моон, немцы высадили планерный десант на полуострове Кюбассааре севернее советской батареи. Половина роты специального назначения из полка «Бранденбург-800» под командованием гауптмана Бенеша приземлилась на пяти планерах «DFS-230», вылетевших из Пярну. Вторая половина роты немецких спецназовцев подошла к полуострову на катерах. Но, защитники батареи оттеснили вражеских десантников к берегу и рассеяли огнем, отбив эту атаку. Вот только за первой атакой последовали множество других. Высадка спецназовцев на Кюбасааре стала лишь отвлекающим маневром. При мощной поддержке своей авиации, Моон немцы захватили за два дня, к 16-му числу. А уже 17-го сентября они захватили плацдарм на другой стороне дамбы.
20-го сентября на Эзеле немцы высадили даже десант на тяжелых планерах «Гигант», но он оказался уничтожен защитниками. Советские войска оказывали ожесточенное сопротивление. Но, немецкий десант, поддерживаемый авиацией, господствующей в небе, а также орудиями крейсеров, постепенно продвигался. И защитники вынужденно отступили на полуостров Сворбе, где продержались больше десяти дней под огнем крейсеров. В итоге сопротивление защитников на архипелаге немцам удалось полностью подавить к двадцатым числам октября.
Кригсмарине привлекло к штурму Моонзунда довольно серьезные силы, проводя отвлекающие маневры и обстрелы советских береговых батарей. В районе Аренсбурга немецкий флот проводил операцию «Зюдвинд». На западном побережье Эзеля проводилась отвлекающая операция «Вествинд», а против острова Даго действовал «Нордвинд». Кроме легких крейсеров, германским флотом задействовались тральщики, миноносцы, торпедные катера, плавбатареи и даже вооруженные буксиры. А все попытки Краснознаменного Балтийского флота помешать высадке вражеского десанта и помочь своим войскам, обороняющимся на Моонзунде, успехами не увенчались. Оборона архипелага в тот раз закончилась драматически, советские потери составили почти пять тысяч убитых и девятнадцать тысяч пленных.
Теперь же многое менялось. Группа армий «Север» продвигалась совсем не так стремительно. Под Ригой, пока что, немцы застряли, хоть и пытались всеми силами развивать наступление. Тем не менее, темпы уже были не те, что в прошлый раз. Кроме разоблачения немецких планов самим Лебедевым, командование РККА, получив сведения, что Япония пока нападать на СССР не собирается, предприняло решительные меры по переброске войск с Дальнего Востока в Прибалтику. Их развертывание на рубеже Даугавы теперь очень мешало противнику продвигаться дальше столь же быстро, как это предусматривалось планом «Барбаросса».