Никаких подробностей об операциях этого флота, снявшегося с якоря в 1503 году в Лиссабоне, не сохранилось. Самый любопытный эпизод относится к повторному захвату Албукерки Кочина, откуда мавры изгнали оставленных Васко да Гамой португальцев. В отчете говорится, что "Албукерки возвел там небольшую крепость". Позже историки используют выражение "укрепление". После римлян никому даже не приходила в голову мысль укреплять торговую факторию. Прийти, заключить договоры с мирными раджами, навести страх на остальных, организовать торговую факторию и отбыть восвояси - так действовал да Гама. Албукерки принимается за укрепление португальских торговых факторий в Индии - вначале в Кочине, затем в других местах вплоть до организации замкнутых мирков, государств в государстве. Крепости предназначались не только для собственной защиты, но и для устрашения тех государств, где они размещались. Его почин подхватят все европейцы на всех азиатских морях, не меняя этой политики даже в XIX веке.
Когда Албукерки вернулся в Лиссабон и объяснил королю необходимость подобных действий, Жуан (( не только поблагодарил его, но и назначил генерал-капитаном Индийского "моря". В 1506 году новоявленный сановник снова отплывает из Лиссабона в том же направлении с той же задачей изгнать мавров, укрепить и расширить португальскую империю. Он отплыл с "секретным оружием" - новый король Мануэл (( сообщил ему, что назначил его вице-королем вместо Франсишку д'Алмейды, официально возведенного годом ранее в ранг вице-короля Индии. Этот "договор" оставался секретным до 1508 года. Государи любят плести интриги: они всегда мечтают убить одним выстрелом двух зайцев.
В инструкциях, врученных Албукерки, упоминается еще не известное в Европе название - Сокотора (ныне Сокотра, по-арабски Сукутра) - остров и Индийском океане в 250 километрах от восточной оконечности Африки - мыса Гвардафуй. Король приказал отнять у арабов Сокотру, стратегически важный остров на пути в Индию. Албукерки с шестью каравеллами одерживает трудную победу: "Лишь один из осажденных запросил пощады". После захвата острова победитель укрепляет арабский форт. Остров - место угрюмое, и моряки Албукерки со страхом подсчитывают, через сколько времени они умрут от голода (12° северной широты, беспощадное солнце, а вся растительность состоит из нескольких рахитичных фиговых пальм).
- Не волнуйтесь, - успокаивает Албукерки своих моряков, - мы захватим богатый, плодородный остров Ормуз.
Ормуз европейцам известен. Он напоминает о сказках "Тысячи и одной ночи", сказочных дворцах, полных жемчуга, золотых кубках. Однако султан Ормуза имеет флот из шестидесяти кораблей и хорошую артиллерию. Психолог и стратег, Албукерки понимает, что надо внушить веру своим воинам и устрашить могущественный Ормуз, а потому начать с соседей. Тогда впереди шести каравелл полетит авангард - страх.