Петербург недоброжелательно встретил Невельского. Клевета преследовала его и там.
"Из слов государя, великого князя, ганерал-адмирала и управляющего тогда морским министерством адмирала Ф. П. Врангеля, - пишет Невельской, я увидел, что был распространен слух, будто бы суда наши, фрегат "Аврора", корвет "Оливуца" и транспорт "Двина", по случаю мелководья на баре р. Амур, выйти из реки не могут, что донесения мои относительно состояния этого бара ложны, и, наконец, что будто бы я виноват в том, что фрегат "Паллада" не ввели в реку и утопили в Императорской гавани. Этот слух был так распространен, что даже Государь Император, к которому я представлялся, несмотря на высокомилостивые слова Его Величества, что Россия никогда не забудет моих, заслуг, изволил заметить мне, что река Амур мелка и не годится для плавания. На это я отвечал Его Величеству, августейшему генерал-адмиралу и, наконец, управляющему морским министерством, адмиралу Ф. П. Врангелю, что слух этот ошибочен: река Амур судоходна, плавание по ней возможно и суда наши благополучно выйдут из реки и лимана, о чем, вероятно, весьма скоро получится донесение; что же касается фрегата "Паллада", то официальные донесения и представления мои, начиная с 1852 года, ясно показывают, что я со своей стороны делал все, чтобы ни того, ни другого не могло случиться, и если бы на них обратили должное внимание, то, наверное бы, этого не случилось.
Вскоре после этого, именно в начале декабря, прибыл в Петербург курьером капитан-лейтенант Чихачев с известием о благополучном выходе в Татарский залив из реки Амура нашей эскадры. Получив это известие, я необходимым счел поздравить с этим событием августейшего генерал-адмирала и управляющего морским министерством Ф. П. Врангеля и при этом выразился, что после этого факта, я надеюсь, что уничтожатся затеянные против меня интриги и сознают, что донесения мои были вполне справедливы".
На этом заканчивается история деятельности Невельского на Дальнем Востоке. Дальнейшее развитие и освоение края, а также и официальные переговоры о разграничении с Китаем происходили без всякого участия в них Геннадия Ивановича. Назначенный членом Ученого отделения Морского технического комитета "в награду" за свои подвиги, он был устранен от всякого касательства к дорогому его сердцу краю66.
Человек действия, горячий, решительный и энергичный, по натуре исследователь, совсем не склонный к кабинетным занятиям, он был устранен от практической деятельности и хотя и не был лишен "продвижения по службе" (умер он в чине полного адмирала в 1876 году), но находился как бы в опале.