Организационная перестройка коснулась и действующей армии. Генеральному штабу пришлось провести работу по разукрупнению фронтов. Это было вызвано рядом обстоятельств, в том числе увеличением размаха вооруженной борьбы и появлением новых операционных направлений. Требовалось сделать фронтовое управление более гибким, оперативным. Война усложнила руководство военными действиями, и мы должны были в соответствии с этим перестраиваться. Работа по разукрупнению фронтов велась в течение всей второй половины 1941 года.
Ставка и Генштаб были также вынуждены пойти на такую временную меру, как упразднение корпусного звена. Мы решились на это потому, что не могли быстро восполнить потери командных кадров. Создалось такое положение, когда на корпусное управление не хватало людей, в результате чего оно оставалось сильно недоукомплектованным и не могло выполнять своих функций, эффективно руководить частями и соединениями. К исходу 1941 года было сохранено лишь 6 корпусных управлений, за счет высвободившихся командиров и политработников укомплектовали частично армейские штабы и дивизионное управление.
Пришлось пересматривать и организационную структуру дивизий. Ограниченные в то время материальные ресурсы вынудили нас пойти на снижение их огневых средств - сократилось количество орудий, огнеметов, пулеметов. Мы с сожалением приняли такое решение, но другого выхода не было. В то время народное хозяйство не могло дать столько оружия, боевой техники, боеприпасов, сколько требовал фронт. Учитывая реальные возможности, Ставка и Генштаб корректировали организационную структуру дивизий.
Принимая такие решения, мы надеялись, что это временная мера и что ограниченность материальных средств ведения войны будет компенсирована высоким морально-политическим подъемом в Вооруженных Силах и быстрым приобретением командными кадрами опыта ведения боевых действий. Вместе с тем мы надеялись, что так продолжаться будет недолго и организационная структура корпусного и дивизионного звена будет пересмотрена.
Надо заметить, что первоначальные неудачи Красной Армии показали некоторых командиров в невыгодном свете. Они оказались неспособными в той сложнейшей обстановке руководить войсками по-новому, быстро овладеть искусством ведения современной войны, оставались в плену старых представлений. Не все сумели быстро перестроиться. Сталин же исходил из того, что, если боевые действия развиваются не так, как нужно, значит, необходимо срочно произвести замену руководителя. Перемещения касались всего аппарата Наркомата обороны, Генерального штаба и руководства войсками. Однако такое отношение к кадрам в первые месяцы войны далеко не всегда давало положительные результаты.