До Халхин-Гола он хорошо изучил повадки японских войск на озере Хасан. Будучи там начальником политического отдела 39-го Сибирского стрелкового корпуса, Михаил Семенович проявил незаурядные способности. За хорошо налаженную организаторскую работу в войсках корпуса и личные подвиги он был награжден боевым орденом Красного Знамени. Вскоре после завершения событий в районе озера Хасан был избран делегатом XVIII съезда ВКП(б).
Полученный им первый боевой опыт был приумножен в боях на Халхин-Голе. Советское правительство высоко оценило его вклад в дело разгрома японских захватчиков, наградив орденом Ленина, а Монгольской Народной Республикой он удостоен ордена Красного Знамени и ценного подарка.
В Доме офицеров Сибирского военного округа в г. Новосибирске, на стенде, поныне хранится подлинник адреса на имя М. С. Никишева. Приведу его полный текст.
"Члену Военного Совета 17-й армии дивизионному комиссару товарищу Никишеву М. С.
Уважаемый Михаил Семенович!
Совет Министров Монгольской Народной Республики выражает Вам, Михаил Семенович, самую искреннюю признательность и горячо благодарит за самоотверженную и честную работу, проведенную Вами по выполнению обязательств, принятых на себя Союзом ССР по договору о взаимной помощи с Монгольской Народной Республикой от 12 марта 1936 года.
Работая в Монгольской Народной Республике членом Военного Совета 17-й армии, вы показали образец личной храбрости и мужества, отваги и решимости при организации разгрома и уничтожения в 1939 году у Халхин-Гола японских захватчиков, посягнувших на неприкосновенность священных границ Монгольской Народной Республики.
В Вашем лице монгольский народ, бойцы, командиры и политработники нашей народно-революционной армии видели настоящего политического руководителя Армии - скромного, волевого командира, подлинного сына трудового народа, беззаветно преданного своей Родине.
Вы воодушевляли бойцов, командиров и политработников своей непреклонной волей к победе. Вы были настоящим политическим организатором фронта, подлинным образцовым политическим комиссаром славной Рабоче-Крестьянской Красной Армии.
Отмечая Ваши исключительные боевые заслуги перед монгольским народом, Совет Министров Монгольской Народной Республики награждает Вас ценным подарком - охотничьим ружьем системы "Зауэр" № 318039 и часами.
Пусть этот скромный подарок вместе с орденом Боевого Красного Знамени Монгольской Народной Республики, которым Вы награждены несколько ранее, явится знаком самой теплой, самой искренней дружбы, которая связывает Вас с народом нашей страны.