Первые дни и ночи были тяжелой школой мореплавания, превратившей «сухопутных крабов» в настоящих «морских волков». Три часа вахты и три часа сна попеременно — как в круговороте. Возле руля каждый мускул был напряжен до предела. Если от усталости уже не хватало сил толкать весло, рулевые переходили на другую сторону и начинали его тянуть. Когда же плечи и грудь начинали нестерпимо болеть от ударов, рулевой поворачивался к веслу спиной и налегал ею, получая дополнительный набор синяков. Вторая ночь была еще хуже, никто не выдерживал трех часов убийственного напряжения возле руля в потоках ледяной воды. Поэтому назначались двухчасовые вахты, а когда неистовство океана стало невозможно выдержать на протяжении и этого времени, вахту сократили до одного часа, по истечении которого вахтенный без сил сваливался на полу хижины, чтобы забыться сном на считанные десятки минут. Первые трое суток были беспрерывной борьбой за поддержание курса «Кон-Тики». Это было тяжелое испытание для всех шестерых членов экипажа, среди которых труднее всего приходилось Кнуту: страдая от морской болезни, он лежал в углу хижины, освобожденный от всех обязанностей.
На третью ночь шторм начал затихать. Однако перед самым рассветом запоздалая волна, ударив неожиданно по плоту, повернула его боком. Парус начал бить по бамбуковому домику, и все спавшие члены экипажа вынуждены были, вскочив на ноги, броситься выправлять курс плота и спасать раскиданное снаряжение и припасы. Во время этого аврала двое, получив в темноте удар парусом, едва не вылетели за борт.
Однако океан, как бы отступив перед мужеством моряков, признал себя побежденным. Ветер стих, и волны стали уменьшаться. Опасаясь, что шторм может возобновиться, было решено использовать время затишья для восстановления сил измученного, вконец обессилевшего экипажа; вахты были отменены, парус спущен, и все улеглись в хижине. Плот повернулся боком к волнам и начал брать их, как бочка.
Разбуженный криками попугая, который с прекращением шторма почувствовал себя лучше, экипаж обнаружил, что волны, хоть и по-прежнему высокие, катят значительно спокойнее. Ветра не стало, и в лучах солнца все выглядело весело и безмятежно. Как пишет Хейердал, ни он, ни его товарищи тогда не знали, что пережили самое тяжкое во всем рейсе испытание. Лишь позднее был открыт «гениальный и простой метод управления плотом по способу инков». Заключался он в смене наветренности (или подветренности) путем перемещения килей — способ, известный сегодня каждому моряку.
В полдень по солнцу было определено положение. Оказалось, что плот, удалившийся от суши на 100 миль, течением Гумбольдта значительно снесло на север. Это был тревожный факт; дрейфуя на север, плот легко мог попасть в коварные вихревые течения, блуждающие в районе Галапагосских островов. Завладев «Кон-Тики», они, закрыли бы ему дорогу к Полинезии. В сложившейся ситуации задачей номер один стало поддерживать направление как можно более на запад.