Вторая и единственная из известных копий или версий «Хроники Захарии» — «Р. VIII. 132», или «Патриаршая версия», — хранится в библиотеке Вселенской Патриархии в Константинополе и палеографически датируется серединой или концом шестнадцатого века. Вероятно, это позднейшая версия копии, присланной патриарху настоятелем Зографу еще при жизни Захарии. Оригинал этой версии предположительно сопровождался письмом настоятеля, предостерегавшим патриарха о возможной ереси в болгарском монастыре Святого Георгия. Письмо не сохранилось, но возможно, что ради точности и сохранения тайны настоятель Зографу предложил Захарии сделать вторую копию для отсылки в Константинополь, оставив у себя оригинал для библиотеки Зографу. Спустя пятьдесят или сто лет после его создания документ все еще считался настолько важным, что его копировали в Патриаршей библиотеке.
«Патриаршая версия», представляющая собой позднейшую копию, отличается от «Афон 1480» еще одной малозначительной подробностью: в ней опущена часть рассказа о видении монахов Снагова, несших бдение над покойным, а именно: от строки «Один монах видел зверя» до строки «безголовое тело князя зашевелилось и стало подниматься». Этот отрывок переписчик Патриаршей библиотеки мог выпустить, чтобы спасти читателя от ереси, свидетелем которой стал Стефан, или, возможно, чтобы сократить распространение суеверий, связанных с ожившими мертвецами, — род поверий, которых никогда не одобряли церковные власти. Точная датировка «Патриаршей версии» затруднительна, хотя копия числится в каталоге Патриаршей библиотеки с 1605 года.
И еще об одной разительной и загадочной черте сходства между двумя известными версиями «Хроники». Обе рукописи оборваны вручную в одном и том же месте рассказа. «Афон 1480» заканчивается словами: «Я узнал», в то время как в патриаршей версии сохранилось продолжение фразы: «что то была не обычная чума, но» — после чего обе рукописи аккуратно оборваны вдоль строки, по-видимому, чтобы удалить часть рассказа Стефана, повествующего о еще большей ереси или другом зле, творившемся в монастыре Святого Георгия.
Ключ к датировке повреждения рукописи находим в вышеупомянутом библиотечном каталоге, где «Патриаршая версия» числится «неполной». Таким образом, можно заключить, что окончание манускрипта оторвано до 1605 года. Однако невозможно выяснить, совершены ли оба акта вандализма в одно и то же время, или порча одной рукописи вдохновила позднейшего читателя другой, и насколько точно совпадали окончания обеих рукописей. Верность «Патриаршей версии» манускрипту из Зографу, за исключением вышеупомянутого сокращения, указывает, что, по всей вероятности, и окончания обеих версий совпадали или, по крайней мере, были очень близки. Далее, то обстоятельство, что патриаршая версия была оборвана, несмотря на опущенный в ней пассаж о сверхъестественных происшествиях в снаговской церкви, предполагает, что в ее заключении тем не менее упоминалась ересь или иное зло в монастыре Святого Георгия. До сего дня в сведениях о балканских манускриптах это единственный пример целенаправленного исправления документов, разделенных расстоянием в сотни миль.