Позднее разразилась трагедия, еще больше отдалившая его от семьи, 30 июля 1652 года Бофор убил на дуэли мужа Элизабет, Шарля-Амадея Савойского, герцога Немурского. Причина дуэли была ничтожной, а виноват в ней был исключительно Шарль-Амадей, не желавший даже слышать о том, что его зять был во время последних судорог Фронды парижским губернатором. Молодой сумасброд все сделал для того, чтобы поставить Бофора к барьеру, даже обозвал его выродком и трусом, а потом настоял, чтобы дуэль велась на пистолетах и завершилась смертью одного из соперников. Пистолеты были избраны не случайно, незадолго до роковой дуэли Шарль-Амадей был ранен в руку и не мог фехтовать.
Соперники сошлись в шесть часов вечера на Лошадином рынке позади садов отеля Вандом. За поединком наблюдали восемь секундантов (обычно секунданты тоже мерились силами, но дуэль на пистолетах позволяла обойтись без этого). Пуля, выпущенная Немуром, лишь оцарапала Ьофора, который вместо того, чтобы ответить выстрелом, стал просить своего «брата» о мире, но тот, не помня себя от ярости, настоял, чтобы противоборство было продолжено на клинках. Несколько мгновений — и Шарль-Амадей получил смертельный укол в грудь. Точно такая же смерть постигла ранее Жана де Фонсома.
Элизабет охватило страшное отчаяние, она обожала мужа, несмотря на то что он изменял ей с редкой последовательностью. Франсуа, чье уныние было под стать унынию сестры, на какое-то время заперся в Шартре. Однако любовь, прежде сплачивавшая брата и сестру, теперь осталась в прошлом. Отель Вандом, где Элизабет нашла убежище вместе с дочерьми, сделался недосягаем для невольного убийцы. Напрасно Франсуаза Вандомская, мать Элизабет, Франсуа и Луи, проливала слезы, надеясь примирить своих детей…
Примирения не получилось. Франсуа избегал родню, несмотря на траур, соблюдаемый его старшим братом. В 1657 году угасла за считанные дни прекрасная Лаура, из-за которой в семье впервые пошли раздоры. На руках у безутешного вдовца остались два сына. Луи, убитый горем, укрылся в обители монахов-капуцинов с намерением принять постриг.
Если Бофор и сострадал брату, то виду не показывал. Через некоторое время Меркер стал губернатором Прованса. Он непреклонно защищал интересы короны и подавил бунт в Марселе.
Семья восстанавливала былое величие. Этому способствовала женитьба Луи на племяннице Мазарини, против которой так протестовал Франсуа. Герцог Сезар принял адмиральский чин, о котором так мечтал его младший сын, и с тех пор его не видели в Париже. В отличие от прошлых времен это не было ссылкой, герцог бороздил моря, добывая славу своему королю. Сменить отца на этом славном поприще предстояло Бофору, но для него это было слабым утешением.